寫在前面 天氣開始暖和了??，發(fā)現(xiàn)旅游的人好多啊！~?? 不知道自己什么時候能有時間出去看看外面的世界，實在是太忙了。?? 最近用到的有個包感覺很不錯，分享給大家，funkyhe...
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?? funkyheatmap | 用這個包來完美復(fù)刻Nature Biotechnology的高顏值神圖吧！~ -
使用ChIPSeeker進行ChIP-seq， ATAC-seq，cut&tag等富集峰的基因組注釋二代測序產(chǎn)生的數(shù)據(jù)類型 常規(guī)的下一代高通量測序（next generation sequencing, NGS）實驗通常產(chǎn)生大量短片段(reads)，通常我們需要將這些rea...
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ChIP實驗操作以及Chip-seq數(shù)據(jù)分析ChIP（Chromatin immunoprecitation）是研究體內(nèi)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的重要工具。 “染色質(zhì)”就是由“組蛋白和DNA”組成的物質(zhì)；“免疫”就是通過...
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我的生信自學心得分享
這是我2022-02-16在CGM分享的文字稿 從2016年，我開始自學生物信息，那個時候，為了加深自己學習，所以就不間斷的在網(wǎng)上分享我的學習筆記。 我有一個自己的博客，xu...
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用Bedtools進行集合運算轉(zhuǎn)自：https://zhuanlan.zhihu.com/p/52322803[https://zhuanlan.zhihu.com/p/52322803] 之前已經(jīng)講過B...
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轉(zhuǎn)座子（TE,散在重復(fù)）特征及其對基因組影響基因組中重復(fù)序列大體分為兩類：串聯(lián)重復(fù)（Tandem repeats，Tandem Duplication） （TRF可預(yù)測）散在重復(fù)（Dispersed repeats），...
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帶你走入生信學習之路——生信入門
本文全部都是個人經(jīng)驗、個人觀點 階段一：進入學習狀態(tài) 學姐和我說過這么一句話：做項目最簡單的是學習，難在設(shè)備和技術(shù)，說白了就是資源 進入一個新的領(lǐng)域最簡單就是兩步走：讀兩本書...
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單細胞轉(zhuǎn)錄組高級分析二：轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)分析
SCENIC簡介 組織內(nèi)細胞異質(zhì)性的基礎(chǔ)是細胞轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的差異，轉(zhuǎn)錄狀態(tài)的特異性又是由轉(zhuǎn)錄因子主導的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)（GRNs）決定并維持穩(wěn)定的。因此分析單細胞的GRNs有助于深入...
