首先得到每條序列的長度，在這里使用seqkit軟件。seqkit軟件是一個強大的序列處理工具，安裝方法參見官方網(wǎng)站.代碼如下： 結(jié)果如下所示： ...
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fasta/fastq序列長度分布統(tǒng)計 -
R包clusterProfiler: 轉(zhuǎn)換ID、GO/KEGG富集分析參考這篇ID轉(zhuǎn)換不用怕，clusterProfiler幫你忙這篇詳細講了無參考基因組該怎么辦，值得一看 簡單介紹一下幾種常用的ID：Ensemb...
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強強聯(lián)合的基因ID轉(zhuǎn)換劉小澤寫于2020.5.28Ensemble轉(zhuǎn)Symbol其實不是這么簡單，問題百出，需要留意 0 今天遇到一個需求，先來看看 有這樣的四個文件...
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用Python和C語言實現(xiàn)DNA雙序列局部比對（Smith-waterman算法）雙序列局部比對的算法和全局比對算法的步驟相似，只是賦值規(guī)則稍有不同，每個單元格的分值由前面對角線的分值和引入一個空位得到的分值的最大值決定，但是...
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Deep-learning augmented RNA-seq analysis of transcript splicing0. 簡介 這篇文章是發(fā)表在Nature Methods上的使用深度學(xué)習(xí)來擴充可變剪切的分析。通訊作者是來自于UCLA的邢毅老師。這篇文章創(chuàng)新點...
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SNP功能注釋網(wǎng)站合集這篇文章是對SNP位點功能注釋在線網(wǎng)站的一個總結(jié)帖。 軟件排名不分先后，優(yōu)先順序可以看推薦指數(shù)。 彩蛋在最后，請堅持看完 1、GWAS4D, 推...
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R：堆疊圖、沖積圖、分組分面、面積圖導(dǎo)讀 宏基因組分析分為物種分析和功能分析兩大塊。物種組成分析是物種分析中最基本最常見的分析方法。利用R語言堆疊圖，我們可以將一個項目中所有樣品的...
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Super useful!! #實用的單行命令合集
周末閑著無聊在推特上閑逛，刷著刷著發(fā)現(xiàn)了Ming Tang大神的一條推文。他將他日常經(jīng)常使用的單行命令整理到其Github中，然后分享給各位推友...
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簡單小需求：如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM？
劉小澤寫于19.2.21或許這還是個比較常用的需求 我們做轉(zhuǎn)錄組分析，得到的結(jié)果可能是FPKM。但是FPKM確實存在不準(zhǔn)確性，推薦使用TPM。 ...
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如何快速自學(xué)生物信息學(xué)為了不讓大家再走我之前自學(xué)生信時候踩過的坑，走過的彎路，將一些比較重要的入門書籍，網(wǎng)站和后續(xù)的學(xué)習(xí)渠道總結(jié)如下，供大家參考。 目錄 統(tǒng)計學(xué) 系統(tǒng)...
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