單行命令，化繁為簡(jiǎn)，重劍無(wú)鋒，大巧不工。接下來(lái)學(xué)習(xí)生信實(shí)用單行命令。 基礎(chǔ)awk和sed命令 sed: stream editor流編輯器 提取...
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【linux】單行命令-第2部分：Bioinformatics one-liners
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grep -v、-e、-E
概述 在Linux的grep命令中如何使用or，and，not操作符呢？ 其實(shí)，在grep命令中，有or和not操作符的等價(jià)選項(xiàng)，但是并沒(méi)有g(shù)r...
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Linux： 數(shù)據(jù)處理三劍客之a(chǎn)wk前言 ??對(duì)于用Linux來(lái)處理數(shù)據(jù)的用戶來(lái)說(shuō)，應(yīng)該都知道Linux處理數(shù)據(jù)的三個(gè)強(qiáng)有力的命令awk、sed、grep——人稱三劍客。那么今天想...
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耗時(shí)很長(zhǎng)的程序忘加nohup就運(yùn)行了怎么辦？
在NGS基礎(chǔ)：測(cè)序原始數(shù)據(jù)下載一文中提到可以使用SRA-toolkit中的命令fastq-dump從NCBI下載原始測(cè)序數(shù)據(jù)，命令如下。 這個(gè)代...
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【生信技能樹】sam和bam格式文件的shell小練習(xí)【生信技能樹】sam和bam格式文件的shell小練習(xí) LINUX練習(xí)題 1) 統(tǒng)計(jì)共多少條reads(pair-end reads這里算一條)...
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awk 進(jìn)階（兩文件的交集和差集）
簡(jiǎn)單的語(yǔ)句 兩文件的交集和差集 例子 aaa.txt文本 bbb.txt 求aaa.txt和bbb.txt的差集 awk 交集 NR表示已經(jīng)處理...
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文本處理命令awk 實(shí)例學(xué)習(xí)參考文章源地址awk命令是Linux系統(tǒng)里非常強(qiáng)大和功能豐富的文本行處理工具命令，使用方法簡(jiǎn)單，但是功能豐富，處理文本的速度也非?？?。awk是Lin...
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[轉(zhuǎn)]snakemake使用筆記
snakemake是一個(gè)用來(lái)編寫任務(wù)流程的工具，用python編寫的，因此其執(zhí)行的流程腳本也比較通俗易懂，易于理解。 一、從一個(gè)簡(jiǎn)單的例子開始 ...
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linux視頻 文本處理 筆記
聽(tīng)老大嗶哩嗶哩視頻中的linux文本處理的部分，其中講到三駕馬車（grep、awk、sed）部分很快就迷糊了，工欲善其事，必先利其器。這幾種文本...
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Ubuntu18.04.2LTS安裝、配置、美化Ubuntu18.04.2LTS安裝、配置、美化 安裝準(zhǔn)備 準(zhǔn)備Ubuntu18.04鏡像 關(guān)閉Secure Boot 硬盤分區(qū) 硬盤一般分為I...
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