一次簡(jiǎn)化基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) 盡管目前已經(jīng)有大量物種基因組釋放出來(lái),但還是存在許多物種是沒(méi)有參考基因組。使用基于酶切的二代測(cè)序技術(shù),如RAD-se...
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一次簡(jiǎn)化基因組數(shù)據(jù)分析實(shí)戰(zhàn) 盡管目前已經(jīng)有大量物種基因組釋放出來(lái),但還是存在許多物種是沒(méi)有參考基因組。使用基于酶切的二代測(cè)序技術(shù),如RAD-se...
Wray NR, Kemper KE, Hayes BJ, et al. Complex Trait Prediction from Genom...
我梳理了GWAS全基因組關(guān)聯(lián)分析的整個(gè)流程,并提供了基本的命令,用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
Melo, 2019, ‘a(chǎn)pparent’: a simple and flexible R package for accurate SNP...
Testing pipelines for genome-wide SNP calling from Genotyping-By-Sequenc...
Ratcliffe, B., El-Dien, O.G., Kláp?tě, J., Porth, I., Chen, C., Jaquish,...
進(jìn)行GS前,需要將標(biāo)記格式轉(zhuǎn)成012格式,0表示低頻allele的個(gè)數(shù),即M矩陣。在R中有包synbreed和SNPassoc能夠完成這項(xiàng)工作。...
談起Plink相信熟悉的人更定都會(huì)知道,這是一個(gè)全面的基因組分析工具集,具有很多的小功能,在SNP數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì),過(guò)濾,GWAS分析中都可以用得上,而...
最近在用Colony,和Cervus有所區(qū)別。下面是翻譯自Colony的用戶指南,供理解學(xué)習(xí)。軟件下載地址官方COLONY | Zoologic...
在GWAS研究中,Manhattan plot和QQ plot是最常畫的兩類圖,它們可以把跟研究的性狀(比如,基因型和身高)顯著相關(guān)的基因位點(diǎn)清...