基因流（也稱基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，...
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全 -
學(xué)會正確選擇多序列比對（coding-sequences）軟件前幾天，實(shí)驗(yàn)室的師弟師妹通過本地blast獲取一些沒有基因組注釋物種的蛋白編碼序列。原本以為可以快速地進(jìn)行下一步的選擇壓力分析，沒想到卻在多序列...
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系統(tǒng)發(fā)育基礎(chǔ)知識介紹
系統(tǒng)發(fā)育學(xué)概念 系統(tǒng)發(fā)生（或種系發(fā)生、系統(tǒng)發(fā)育，phylogeny）是指生物形成或進(jìn)化的歷史。系統(tǒng)發(fā)生學(xué)(phylogenetics)研究物種之...
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如何構(gòu)建SNPs-based phylogenetic tree
如果根據(jù)SNP或者Indel 構(gòu)建其系統(tǒng)進(jìn)化樹，可以展示群體中不同個(gè)體的相互關(guān)系，基因變異相似的往往會在同一個(gè)樹的cluster中，一顆好的樹可...
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Texshade對多重序列比對進(jìn)行可視化很早之前就覺得用DNAMAN做的多重比對導(dǎo)出來的圖不是很好看了，而且后期還要進(jìn)行PS或者PPT進(jìn)行修飾。 因此，到網(wǎng)上去找了一些方法也做了一些嘗...
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基于哈希索引的短序列匹配算法(Short Read Mapping by Hash Index Method)前言 : 隨著NGS(Next Generation Sequencing)技術(shù)日益成熟，如今一臺設(shè)備一天可產(chǎn)生100G的堿基匹配數(shù)據(jù)。其產(chǎn)生的...
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后綴樹的相關(guān)與python實(shí)現(xiàn)BWA Burrows-Wheeler Aligner作為一個(gè)十分出名的alignment軟件，在各個(gè)生信領(lǐng)域的比對中都發(fā)揮了重要的作用。但是如...
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同源注釋工具GeneWise安裝和使用
這是一個(gè)非常老的軟件，距離他不更新至少有10多年了，但是目前還是有很多公司用他進(jìn)行基因組注釋，包括ENSEMBL的注釋流程的幾個(gè)核心部分用到的也...
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序列比對其他相關(guān)問題全局比對 Global Alignment 由芝加哥的Needleman和Wunsch兩位于上個(gè)世紀(jì)70年代初提出，常被稱之為Needleman...
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CD-HIT學(xué)習(xí)
CD-hit 參數(shù)解讀 -i 設(shè)置輸入文件 -o 設(shè)置輸出文件，可以將每次分析的ID閾值放到名稱中，方便以后使用，如clean90，就是被清洗后...
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