在單細胞數(shù)據(jù)分析當中，當我們聚類分群完成之后，緊接著就是細胞類型注釋，細胞類型的注釋就離不開 基因marker ，即在目標細胞類群和其它細胞類群...
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神兵利器——單細胞細胞類群基因marker鑒定新方法：COSG -
單細胞數(shù)據(jù)整合分析——批次效應（batch effect）去除在單細胞分析當中，經常會遇到整合分析的問題，即去除多樣本數(shù)據(jù)之間的批次效應（batch effect），那么什么是批次效應呢？簡而言之，批次效應...
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單細胞分析踩坑實錄：DotPlot()之'RNA' assay還是 'integrated' assay?前段時間在生信技能樹單細胞學習小分隊分享單細胞文章復現(xiàn)，一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復現(xiàn)2020年發(fā)表在 ...
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單細胞轉錄組及空間轉錄組學習資源
(1). 單細胞上游軟件cellranger：單細胞上游軟件cellranger從頭說[http://www.itdecent.cn/p/9a...
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MAPQ 一定是255嗎?不一定，不同開發(fā)者的定義不同。 早上爬樓看到這個問題： 各位有個基礎問題我不是很明白，SAM文件中的MAPQ map質量等于255究竟是什么意思...
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單細胞分析入門——一套經典的Seurat分析流程前幾天看到周運來老師的一句話，放在這兒，與諸君共勉： 看到才能想到，想到才能做到，做到才能得到，得到才能失去，只有失去了才知道適不適合自己 好了...
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單細胞3' mRNA測序數(shù)據(jù)與CPM、RPKM及FPKM之間的聯(lián)系
最近導師push的比較緊，沒有時間來做更新。（懂的都懂，誰都不想在組會上享受社會性死亡） 今天來分享一下單細胞3' mRNA測序數(shù)據(jù)與CPM、R...
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Literature Review(1): A short but comprehensive comparison about tSNE, UMAP and PCA最近又有大佬發(fā)Nature Protocols了，題目為Tutorial: guidelines for annotating single-c...
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我眼中的barcodes.tsv.gz/features.tsv.gz/matrix.mtx.gz前段時間一直在用cellranger count進行單細胞測序數(shù)據(jù)的處理，不得不說Cell Ranger作為10X Genomics官方的單細胞...
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