在單細胞數(shù)據(jù)分析當中,當我們聚類分群完成之后,緊接著就是細胞類型注釋,細胞類型的注釋就離不開 基因marker ,即在目標細胞類群和其它細胞類群...
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在單細胞數(shù)據(jù)分析當中,當我們聚類分群完成之后,緊接著就是細胞類型注釋,細胞類型的注釋就離不開 基因marker ,即在目標細胞類群和其它細胞類群...
在單細胞分析當中,經常會遇到整合分析的問題,即去除多樣本數(shù)據(jù)之間的批次效應(batch effect),那么什么是批次效應呢?簡而言之,批次效應...
前段時間在生信技能樹單細胞學習小分隊分享單細胞文章復現(xiàn),一不小心就踩了一個坑……記錄在這兒和大家一起分享。 背景 主要是想復現(xiàn)2020年發(fā)表在 ...
(1). 單細胞上游軟件cellranger:單細胞上游軟件cellranger從頭說[http://www.itdecent.cn/p/9a...
不一定,不同開發(fā)者的定義不同。 早上爬樓看到這個問題: 各位有個基礎問題我不是很明白,SAM文件中的MAPQ map質量等于255究竟是什么意思...
前幾天看到周運來老師的一句話,放在這兒,與諸君共勉: 看到才能想到,想到才能做到,做到才能得到,得到才能失去,只有失去了才知道適不適合自己 好了...
最近導師push的比較緊,沒有時間來做更新。(懂的都懂,誰都不想在組會上享受社會性死亡) 今天來分享一下單細胞3' mRNA測序數(shù)據(jù)與CPM、R...
最近又有大佬發(fā)Nature Protocols了,題目為Tutorial: guidelines for annotating single-c...
今天又是入門單細胞分析的一天在單細胞分析當中,我們會用到兩個函數(shù):NormalizeData()和ScaleData(),這兩個函數(shù)的區(qū)別到底在...
前段時間一直在用cellranger count進行單細胞測序數(shù)據(jù)的處理,不得不說Cell Ranger作為10X Genomics官方的單細胞...