之前有一次，我導(dǎo)說“能不能把這些基因按順序畫在果蠅的染色體上”，因此，我尋找了一些實(shí)現(xiàn)這個需求的方法。經(jīng)過一番奇奇怪怪的操作之后，最終用ggpl...
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把基因畫在染色體上 -
(史上最全)SNP位點(diǎn)與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合特異性數(shù)據(jù)庫：GVATdb
眾所周知，全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）發(fā)現(xiàn)的很多變異位點(diǎn)基本為非編碼，這些變異位點(diǎn)1）要么調(diào)控基因表達(dá)（eQTL）; 2）要么影響增強(qiáng)子活性; ...
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LTR-RTs的鑒定,LAI值的計(jì)算LAI是一種新的評估基因組組裝質(zhì)量的評價標(biāo)準(zhǔn)。LTR講解[http://www.itdecent.cn/p/a93cdbc36339]部分轉(zhuǎn)載...
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DIAMOND: 超快的蛋白序列比對軟件
相見恨晚，還好遇到了它 今天用BLASTX將我的轉(zhuǎn)錄本序列在UniProt蛋白數(shù)據(jù)庫(700w條序列)中搜索，80個線程，過了1小時大概就分析1...
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生物信息學(xué)研究數(shù)據(jù)庫ExPASy：集大成于一體的綜合在線工具
ExPASy是一個大型綜合性在線工具，用于生物信息學(xué)的在線工具合集。https://www.expasy.org/ 有上述圖標(biāo)的是 SIB維護(hù)的...
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植物研究常用的數(shù)據(jù)庫總結(jié)
1.基因組綜合研究數(shù)據(jù)庫 數(shù)據(jù)庫植物網(wǎng)址TAIR擬南芥http://www.arabidopsis.org/[http://www.arabid...
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R拼圖包：patchwork和cowplot，magick,aplotggplot2的首席專家Thomas Lin Pedersen發(fā)布了patchwork這個包，專業(yè)拼圖簡單好用。patchwork官方地址[ht...
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snpEFF的使用
0.關(guān)于snpEff，建議大家去官網(wǎng)[http://snpeff.sourceforge.net/index.html]看一下作者。逝者已去，深...
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差異基因火山圖：ggplot2+ggrepelggrepel參考[http://www.itdecent.cn/p/84e7e0e029cd]火山圖參考[https://www.jians...
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Fastp:質(zhì)控 +過濾數(shù)據(jù)
常規(guī)的質(zhì)控和過濾數(shù)據(jù)是fastqc+trimmomatic，據(jù)說fastp更快，而且一次完成質(zhì)控過濾和出圖。fastp的githubfastp的...
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