在上一篇中，本來說好的是“如何提取擬南芥（或非模式物種）基因的啟動子序列_基于R”，結(jié)果卻只說了提取擬南芥的情況。 這里我再補充下針對非模式物種...
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如何提取擬南芥（或非模式物種）基因的啟動子序列_基于R_補充部分（getSeq或BSgenome）
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Hi-C技術(shù)的初步了解最近的一次組會上看到實驗室的同學匯報的結(jié)果里有Hi-C的圖，所以我就悄咪咪的去了解了一下Hi-C技術(shù)的原理。整理一下。 Q1: Hi-C的全稱是...
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多組學分析及可視化R包最近打算開始寫一個多組學（包括宏基因組/16S/轉(zhuǎn)錄組/蛋白組/代謝組）關(guān)聯(lián)分析的R包，避免重復(fù)造輪子，在開始之前隨便在網(wǎng)上調(diào)研了下目前已有的R...
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GWAS基本概念文章來自：Concepts and relevance of genome-wide association studies 我覺得讀完這篇文章...
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HOMER中findMotifGenome.pl中碰到的兩個小錯誤
我有時候會對DIffBind的輸出結(jié)果進行下修改，然后放到HOMER里面去找motif。但我有個不太好的一點就是，每次都不記我的awk操作，導致...
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好用的小工具及數(shù)據(jù)庫資料做富集分析的網(wǎng)頁工具https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost用法：把基因列表輸入就可以了, 如果基因的重要性有區(qū)...
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count normalization的代碼
在前面的count normalization的方法部分，我初步介紹了一些常見的count normalization的方法，這部分我會寫出對應(yīng)...
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Intervene: BED文件的intersect和繪制韋恩圖一、背景介紹 通常，BED文件的overlap/intersect的操作，可以BEDtools intersect功能完成overlap和統(tǒng)計：...
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ATAC-seq分析干貨-2
作者 | Arno審稿 | 童蒙編輯 | amethyst 上一期我們介紹了ATAC-seq相關(guān)的背景知識。ATAC-Seq能幫助我們從全基因組...
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RNA-seq實戰(zhàn)分析流程
一、下載測序數(shù)據(jù) ①SRA數(shù)據(jù)庫[存儲二代測序的原始數(shù)據(jù)]②在進行上游分析時，數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換過程概述如下：sra↓FASTQ↓bam↓counts...
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