學(xué)習(xí)使用GROMACS已經(jīng)很久了，但是一直停留在很初級(jí)的應(yīng)用上面，對(duì)高級(jí)技巧并不了解。就連做生物體系幾乎必做的MMPBSA分析都沒(méi)有嘗試過(guò)。乘著...
投稿
收錄了34篇文章 · 75人關(guān)注
-
Python-Matplotlib做gmx_MMPBSA計(jì)算結(jié)果展示
-
Parameters in DPD (Dissipative Particle Dynamics) model and the units conversion
by Yawei Liu @Sydney, Australia 2020/01/15 DPD model In the DPD model, ...
-
Packmol安裝時(shí)make錯(cuò)誤
Packmol是分子模擬中最常用的搭建初始構(gòu)型的軟件。輕便、快捷的特性使其在諸多建模軟件中脫穎而出。不過(guò)近日在Win10的Linux子系統(tǒng)中安裝...
-
PLUMED系列-Trieste使用PLUMED分析軌跡
翻譯自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目標(biāo) 主要是熟悉PLUMED...
-
GMX中常見小錯(cuò)誤匯總
長(zhǎng)期更新 2018.10.29 Q: gmx genion命令：往溶劑中添加離子時(shí)報(bào)錯(cuò)："No line with moleculetype S...
-
CPPTRAJ聚類/團(tuán)簇分析教程
by Daniel R. Rose原文地址 從分子動(dòng)力學(xué)模擬中確定結(jié)構(gòu)布居(structure populations)的一種方法是聚類/團(tuán)簇分...
-
gromacs使用額外水模型
在我們MD中我們有時(shí)候很少進(jìn)行水模型的選擇，很多時(shí)候我們對(duì)于不要求精確的體系使用spc水模型，對(duì)于相對(duì)要求精確的模型一般使用tip3p模型，對(duì)于...
-
GMX中墻與凍結(jié)組的設(shè)置
GROMACS分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算過(guò)程中，常需設(shè)置二維的周期化條件與凍結(jié)組，下面簡(jiǎn)要介紹一下這兩種設(shè)置的實(shí)現(xiàn)與注意事項(xiàng)： 二維周期化條件通常是配合...
-
Rosetta系列-FloppyTail構(gòu)建蛋白柔性尾轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系，且保留鏈接 使用這個(gè)代碼需要蛋白具有長(zhǎng)的柔性尾，在晶體結(jié)構(gòu)中是缺失的，生物化學(xué)證據(jù)表明已知結(jié)合伴侶上尾部的特定結(jié)合位點(diǎn).該代碼旨在模...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/289303/android.graphics.Bitmap_66adb6b.jpeg', '推薦專題《分子模擬》（ 分享自 @簡(jiǎn)書 ）','http://www.itdecent.cn/c/b1eaa74357af?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁(yè)面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}