學(xué)習(xí)使用GROMACS已經(jīng)很久了,但是一直停留在很初級(jí)的應(yīng)用上面,對(duì)高級(jí)技巧并不了解。就連做生物體系幾乎必做的MMPBSA分析都沒(méi)有嘗試過(guò)。乘著...
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學(xué)習(xí)使用GROMACS已經(jīng)很久了,但是一直停留在很初級(jí)的應(yīng)用上面,對(duì)高級(jí)技巧并不了解。就連做生物體系幾乎必做的MMPBSA分析都沒(méi)有嘗試過(guò)。乘著...
by Yawei Liu @Sydney, Australia 2020/01/15 DPD model In the DPD model, ...
Packmol是分子模擬中最常用的搭建初始構(gòu)型的軟件。輕便、快捷的特性使其在諸多建模軟件中脫穎而出。不過(guò)近日在Win10的Linux子系統(tǒng)中安裝...
翻譯自:Trieste tutorial: Analyzing trajectories using PLUMED 目標(biāo) 主要是熟悉PLUMED...
長(zhǎng)期更新 2018.10.29 Q: gmx genion命令:往溶劑中添加離子時(shí)報(bào)錯(cuò):"No line with moleculetype S...
by Daniel R. Rose原文地址 從分子動(dòng)力學(xué)模擬中確定結(jié)構(gòu)布居(structure populations)的一種方法是聚類/團(tuán)簇分...
在我們MD中我們有時(shí)候很少進(jìn)行水模型的選擇,很多時(shí)候我們對(duì)于不要求精確的體系使用spc水模型,對(duì)于相對(duì)要求精確的模型一般使用tip3p模型,對(duì)于...
GROMACS分子動(dòng)力學(xué)模擬計(jì)算過(guò)程中,常需設(shè)置二維的周期化條件與凍結(jié)組,下面簡(jiǎn)要介紹一下這兩種設(shè)置的實(shí)現(xiàn)與注意事項(xiàng): 二維周期化條件通常是配合...
轉(zhuǎn)載請(qǐng)聯(lián)系,且保留鏈接 使用這個(gè)代碼需要蛋白具有長(zhǎng)的柔性尾,在晶體結(jié)構(gòu)中是缺失的,生物化學(xué)證據(jù)表明已知結(jié)合伴侶上尾部的特定結(jié)合位點(diǎn).該代碼旨在模...