乳腺上皮細(xì)胞（mammary epithelial cells，MECs）結(jié)構(gòu)特征以及發(fā)育過程中如何受到調(diào)控，對于理解乳腺癌發(fā)生至關(guān)重要。 本研...
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如何利用單細(xì)胞測序研究乳腺發(fā)育分化
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Seurat：Guided Clustering Tutorial說明：僅根據(jù)官網(wǎng)指南加個人理解，相應(yīng)圖片參考官網(wǎng)（目前官網(wǎng)上最新的Tutorial已經(jīng)更新成Seurat3.0版本，下面的流程是2.4版本，有些...
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【無監(jiān)督聚類方法（一）】譜聚類（基于圖論的聚類方法）該文章主要整理自珠穆拉瑪峰的文章《從拉普拉斯矩陣說到譜聚類》，添加了少部分個人理解的文字和公式推導(dǎo) 該文章同步發(fā)表于 github 和 gith...
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【機(jī)器學(xué)習(xí)在生物信息中的應(yīng)用（二）】SC3：單細(xì)胞表達(dá)譜的無監(jiān)督聚類該聚類方法名為SC3（Single-Cell Consensus Clustering） 該方法本質(zhì)上就是K-means聚類，不過在執(zhí)行K-me...
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（一文讀懂scRNA-Seq）到底要花多久時間才能看懂一套單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)結(jié)果？先說我的態(tài)度。 最快的捷徑就是沒有捷徑，踏踏實實搞學(xué)問 我一直相信慢工出細(xì)活（當(dāng)然我寫推文都不怎么想回頭檢查錯別字），要學(xué)習(xí)什么東西，穩(wěn)扎穩(wěn)打才...
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STREAM:一款scRNA-seq擬時分析工具scRNA-seq數(shù)據(jù)分析想必大家都比較熟悉了，自2014年nature biotechnology提出單細(xì)胞擬時分析或稱為軌跡分析（Traje...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--初探Seurat單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序--閑言碎語 時代發(fā)展的步伐總是毫不留情的將你甩在身后，連車尾燈都看不見。當(dāng)你還在沉迷于普通轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)挖掘時，已經(jīng)有人悄悄的搞上...
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單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測序分析--再說Seurat上期我們講了使用Seurat分析單個樣本，那么2個或多個樣本的分析會有哪些不同呢？單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中一個重要的問題就在于批次效應(yīng)，任何一個試驗步...
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2019第10周:天問
這周每天都起的很早，大概5:30就醒了，然后打開學(xué)習(xí)強(qiáng)國會看電影者紀(jì)錄片。看完了《感動中國·2018》、《家蠶育種專家向忠懷》、《大醫(yī)精誠·黃澄...
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10x genomics RNAseq數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn)
10x數(shù)據(jù)類型： 每個樣本測出3個fastq，通過I1,R1,R2來區(qū)別，下載安裝cellranger，下載所需要的reference， （一）...
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