(一文讀懂scRNA-Seq)到底要花多久時間才能看懂一套單細胞測序數(shù)據(jù)結(jié)果?

先說我的態(tài)度。

最快的捷徑就是沒有捷徑,踏踏實實搞學(xué)問

我一直相信慢工出細活(當然我寫推文都不怎么想回頭檢查錯別字),要學(xué)習(xí)什么東西,穩(wěn)扎穩(wěn)打才是最快的捷徑,不求甚解要建立在還會回來看的基礎(chǔ)上,囫圇吞棗只會爛在肚子里。
要學(xué)會看單細胞測序的數(shù)據(jù)分析結(jié)果到底要多久?先說一下我的情況。

linux:基本認識,只會基礎(chǔ)操作+轉(zhuǎn)錄組上游分析,我們說的linux三駕馬車,我一駕都不熟。
跑過一個人-非模式生物的轉(zhuǎn)錄組項目(質(zhì)控-比對-計數(shù)-ID轉(zhuǎn)換-差異分析-注釋)。
R語言:基本認識
跑過果子老師的500行R基礎(chǔ)代碼(3天時間),Jimmy老師的R basic plot(7個小時),寫過5-6個R語言小白入門推文(每個推文編輯時間6-7小時);
基本上我都是需要在現(xiàn)有代碼的基礎(chǔ)上才可以做一些事情,跑過一個GEO數(shù)據(jù)挖掘(數(shù)據(jù)下載--數(shù)據(jù)調(diào)整和清洗--ID轉(zhuǎn)換--差異分析--注釋),并繪制過一個簡單的火山圖和M-A圖。
背景知識:大概了解測序原理,數(shù)據(jù)類型和數(shù)據(jù)解讀。

到底需要多久才能學(xué)會看懂一個單細胞轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)分析結(jié)果

我試了一下,對我而言,看+理解+PPT制作,花費了我超過12小時的時間,這跟我每周做實驗匯報+文獻PPT的時間是差不多的。可能是因為我已經(jīng)更有了一定的基礎(chǔ),所以單細胞轉(zhuǎn)錄組的一個簡單數(shù)據(jù),只要稍加簡單的了解一下其中的邏輯和背景知識,就可以理解。不過呢,我最近也是有大神加持,不懂的地方是可以享受專人指導(dǎo),這點可是一個不小的buff。

對學(xué)習(xí)的認知--厚積薄發(fā),不可打擊

學(xué)習(xí)好像在前期的時候都是一片迷茫的狀態(tài),看見啥啥不懂,查了百度和谷歌還是看不懂,總之一篇文章放下來,沒一句話是看得懂的。可是前期必然有一個積累,當積累到一定程度的時候,豁然開朗。在前期學(xué)習(xí)的時候千萬不要打擊初學(xué)者,需要給予足夠的耐心+鼓勵,并且等待,同時自己也不要灰心。問題嘛,是拿來解決的,遇到一個解決一個,慢慢的就會開始形成自己的知識圖譜。

學(xué)習(xí)永遠只能靠自己,不能靠別人

現(xiàn)在網(wǎng)絡(luò)上充斥著大量的學(xué)習(xí)資源,包括各種大神級別的總結(jié),專門針對小白的教程,可是大家學(xué)習(xí)起來仍然是這么困難。如果有足夠的時間,自學(xué)也是沒有任何問題的。但個人覺得,自行學(xué)習(xí)+專人指導(dǎo)是學(xué)習(xí)速度最快且效果最好的學(xué)習(xí)辦法,畢竟有時候查到的資料是不怎么好的。另外還有一個問題就是,一部分網(wǎng)上的教程寫得很一般,甚至可能是從別的地方摘抄過來的,其實寫的時候作者自己也不懂是咋回事。

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一個PPT

好了,再見。
對了,如果有想要PPT的PDF版本的,可以給我留言,我可以分享。

2020.03月更新,由于不少小伙伴問我要了PPT,但我自覺這個PPT沒有做得很好,只是非常初步的學(xué)習(xí),唯恐會誤導(dǎo)大家,因此又在這個基礎(chǔ)上,精讀了一些單細胞的文章,以下是精讀筆記
單細胞好文1--Tracing tumorigenesis in a solid tumor model at single-cell resolution

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