DecontX是一種通過去除RNA測序數(shù)據(jù)中非細(xì)胞信號的工具，它適用于單細(xì)胞RNA測序數(shù)據(jù)和高通量RNA測序數(shù)據(jù)。https://github....
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DecontX - 去除單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中環(huán)境RNA污染
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如何科學(xué)選擇單細(xì)胞分析軟件呢？
作者：Holiday審稿：童蒙編輯：amethyst 引言 對不同技術(shù)和實(shí)驗(yàn)平臺產(chǎn)生的各種各樣的單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)進(jìn)行深入的比較，在目前看來，仍然存...
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SCENIC/pySCENIC結(jié)果可視化 2022-11-08適用背景 之前寫了一篇文章介紹四步完成單細(xì)胞數(shù)據(jù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)流程分析[http://www.itdecent.cn/p/71ed43163ce1]...
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單細(xì)胞軌跡分析之應(yīng)用篇作者，Evil Genius 最近見到了很多研究者，真的是不把單細(xì)胞軌跡分析當(dāng)回事，拿到樣本不定義直接跑monocle，這能對么？我看了都著急，...
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文獻(xiàn)學(xué)習(xí)005--[sc]如何開始單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)分析這篇綜述今年6月1日發(fā)表在Journal of the American Society of Nephrology[IF=9.274]上。 在...
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RcisTarget||轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合基序富集RcisTarget準(zhǔn)備 1.安裝RcisTarget所需要的程序包 另外，可以安裝一些其他程序包用來R進(jìn)行cisTarget的交互式展示： R...
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SCENIC概念SCENIC workflow 包含3個(gè)主要步驟： 以single-cell RNA-seq數(shù)據(jù)推斷基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和細(xì)胞功能聚類 1.用GENIE...
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