如果所研究的物種有組裝注釋質量較好基因組序列，且和該基因組序列比對效率較高，那么可以采用有參轉錄組的分析策略，直接進行分析。反之，則需要按照無參...
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RNA-seq 分析常用的軟件 -
RPKM、FPKM、TPM詳解
簡寫 RPKM: Reads Per Kilobase of exon model per Million mapped reads (每千個堿...
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DESeq2詳細用法1.構建DESeq2對象 （1）從SummarizedExperiment對象構建DESeqDataSet對象 se為RangedSummari...
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DESeq2差異基因分析和批次效應移除差異基因鑒定 基因表達標準化 不同樣品的測序量會有差異，最簡單的標準化方式是計算counts per million (CPM)，即原始read...
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2019-09-02R包第二天：差異分析包（二）DEseq2
本文轉載自:presentlife的簡書、括囊無譽的簡書建議直接跳轉：康君愛上了蕊醬的簡書 摘要 測序產(chǎn)生的數(shù)據(jù)內容為，每個樣本中，每個基因分配...
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如何用腳本來寫腳本——Linux批量循環(huán)
以前在Linux寫循環(huán)時都用 ls * | while read id ; do command line $id ; done 的結構，這種方...
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轉錄組學習六（reads計數(shù)與標準化）
轉錄組學習一（軟件安裝） 轉錄組學習二（數(shù)據(jù)下載） 轉錄組學習三（數(shù)據(jù)質控） 轉錄組學習四（參考基因組及gtf注釋探究） 轉錄組學習五（...
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轉錄組有參分析之STAR比對及可變剪切
轉錄組有參分析之STAR比對及可變剪切 STAR比對的特點： 速度快 準確度高 3'reads soft clip genomeLoad Loa...
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R語言-第一次用RStudio 畫熱圖作業(yè) 1.read.table參數(shù)理解 file:文件名（包在“”內，或者使用一個字符型變量），可能需要全程路徑（注意即使是在windows下，...
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如何構建表達矩陣——RNAseq中游分析
中游分析這個詞是我杜撰的，用來強調表達矩陣構建過程并不簡單。 0 前言 前幾天Jimmy老師發(fā)了一篇 我用這個技能一杯咖啡的功夫就掙了800塊錢...
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