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一、在Genome Announcements網(wǎng)站(https://mra.asm.org/)找到一篇細菌基因組文章 1.標題如下image.p...
已有的工具如circos, 只能繪制彎的染色體,又如R包chromoMap,IdeoViz,karyploteR,ggbio和在線工具Idiog...
Circos是數(shù)據(jù)展示的一個極佳方式。是每一個男人都應(yīng)該學會的必備技能! 如果按照我這個教程都搞不定的話,還是建議先別看別人的高階教程了。 Ci...
RepeatModeler可用來從頭對基因組的重復(fù)序列家族進行建模注釋,它的核心組件是RECON和RepatScout。 使用方法 以擬南芥的參...
本文參考自Repeat Library Construction-Advanced,整體思路一致,但是所用軟件有所不同。 流程主要分析MITE和...
什么是K-mer? mer : 分子生物學領(lǐng)域中意義為:monomeric unit ( mer) :單體單元,相當于nt或者bp。通常用于雙鏈...
軟件簡介 功能 統(tǒng)計并篩選DNA序列中k-mers的數(shù)目,輸出的結(jié)果為二進制文件,能夠使用jellyfish dump轉(zhuǎn)換成文本文件。 最終得到...
基因組組裝 基因組組裝一般分為三個層次,contig, scaffold和chromosomes. contig表示從大規(guī)模測序得到的短讀(re...
基因組survey 在組裝基因組之前一定要先對要組裝的物種有一個大致的了解,判斷其復(fù)雜程度, 標準如下 基因組大?。夯蚪M越大,測序花的錢越多 ...