重測序：是對已對已知基因組的物種進(jìn)行測序，去挖掘不同個(gè)體和群體之間的差異性。 重測序分析內(nèi)容： SNP，INDEL, SV , SNV 進(jìn)化分析...
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重測序分析
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Rscript——Linux下運(yùn)行R腳本
之前R都是在Windows運(yùn)行比較多，Rstudio基本滿足數(shù)據(jù)分析和繪圖需求。但是這次通過R進(jìn)行WGCNA，基因數(shù)目比較多Windows帶不動(dòng)...
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有重復(fù)樣本RNA-seq count數(shù)據(jù)分析寫在前面： 分析之前需要兩個(gè)文件文件1：countMatrix.txt數(shù)據(jù)，其中存儲(chǔ)著實(shí)驗(yàn)組與對照組的基因表達(dá)的count值（行是基因，列是樣本...
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測序數(shù)據(jù)基本信息統(tǒng)計(jì) | reads,coverage,depth
00 寫在前面 測序后公司交付數(shù)據(jù)時(shí)，一般會(huì)提供質(zhì)控后的clean data和后續(xù)的基礎(chǔ)分析結(jié)果。因?yàn)榭赡苄枰约簛磉M(jìn)行數(shù)據(jù)的預(yù)處理，記得一定要...
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Resequencing of 414 cultivated and wild watermelon accessions identifies selection for fruit qual...分享一篇高質(zhì)量文章，主要借鑒畫圖部分 這篇文章的圖是我在另外一個(gè)簡書作者文章里找到的，有興趣可以看一下 這篇文章[https://www.jia...
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Haploview軟件使用-連鎖不平衡分析
當(dāng)位于某一座位的特定等位基因與另一座位的某一等位基因同時(shí)出現(xiàn)的概率大于群體中因隨機(jī)分布的兩個(gè)等位基因同時(shí)出現(xiàn)的概率時(shí)，就稱這兩個(gè)座位處于連鎖不平...
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二代測序文庫構(gòu)建-概述與挑戰(zhàn)（1）高通量測序又稱NGS，重新定義了基因組學(xué)研究。近年來，NGS技術(shù)穩(wěn)步發(fā)展，伴隨著成本下降以及測序應(yīng)用呈指數(shù)增加。本文，我們研究了影響測序文庫質(zhì)量...
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【科研】SPSS方差分析+字母標(biāo)注一、數(shù)據(jù)整理 1、在Excel中整理數(shù)據(jù)如下。 2、復(fù)制粘貼到SPSS中。 3、變量視圖，調(diào)整變量名稱和小數(shù)位數(shù)。 二、單因素方差分析 三、結(jié)果...
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幾款計(jì)算測序深度和覆蓋度的軟件或模塊1. BAMStats BAMStats是一款從BAM文件中計(jì)算覆蓋度和其他數(shù)據(jù)，并生成這些數(shù)據(jù)的描述性統(tǒng)計(jì)的工具 1.1 安裝 1.2 使用 ...
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如何繪制某個(gè)染色體的某一段區(qū)域的基因結(jié)構(gòu)圖畫圖網(wǎng)站http://gsds.gao-lab.org/[http://gsds.gao-lab.org/] 本文主要講bed文件的制作，記錄一...
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