這次跟著課程(Smartseq2 scRNA小鼠發(fā)育學習筆記-1-前言及上游介紹)要練習的文章是:Dissecting Cell Lineage...
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生信技能樹單細胞數(shù)據(jù)挖掘筆記(1):數(shù)據(jù)讀入[https://www.zhouxiaozhao.cn/2020/10/24/ScRNAseq(7...
最近在學單細胞測序,學習了B站生信技能書樹的單細胞教程,https://www.bilibili.com/video/BV1dt411Y7nn[...
前情回顧 Seurat 4.0 ||單細胞數(shù)據(jù)分析工具箱有更新[http://www.itdecent.cn/p/48e4f61e3a84]S...
隨著單細胞技術(shù)的成熟,同一細胞內(nèi)的信息越來越多被揭曉。在轉(zhuǎn)錄組時代,我們說單細胞是一個rna的盒子,細胞類型是基因特異性表達的結(jié)果?,F(xiàn)在,我們可...
第一步:從GEO數(shù)據(jù)庫下載.h5文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GS...
前言 ??今天想跟大家分享一下單細胞分析中的一個需求,就是如何將h5的表達量文件轉(zhuǎn)化為常見的表達矩陣。大部分情況下,我們是不需要用到這個需求,因...
這篇主要針對Seurat包裝不上hdf5r包的bug而無法使用Read10X_h5這個函數(shù)的讀者。 在使用Seurat包讀取10Xgenomic...
SingleR包簡介 SingleR是一個用于對單細胞RNA-seq測序(scRNA-seq)數(shù)據(jù)進行細胞類型自動注釋的R包(Aran et a...
SeuratData SeuratData是一種使用R的內(nèi)部軟件包和數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)以Seurat對象形式分發(fā)數(shù)據(jù)集的機制。它為用戶提供了一種訪問S...