這次跟著課程（Smartseq2 scRNA小鼠發(fā)育學習筆記-1-前言及上游介紹）要練習的文章是：Dissecting Cell Lineage...
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(Smartseq2) single cell RNA-seq分析練習 -
生信技能樹單細胞數(shù)據(jù)挖掘筆記(4)生信技能樹單細胞數(shù)據(jù)挖掘筆記(1)：數(shù)據(jù)讀入[https://www.zhouxiaozhao.cn/2020/10/24/ScRNAseq(7...
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單細胞學習筆記最近在學單細胞測序，學習了B站生信技能書樹的單細胞教程，https://www.bilibili.com/video/BV1dt411Y7nn[...
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Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC數(shù)據(jù)前情回顧 Seurat 4.0 ||單細胞數(shù)據(jù)分析工具箱有更新[http://www.itdecent.cn/p/48e4f61e3a84]S...
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Seurat?4.0 ||單細胞數(shù)據(jù)分析工具箱有更新隨著單細胞技術(shù)的成熟，同一細胞內(nèi)的信息越來越多被揭曉。在轉(zhuǎn)錄組時代，我們說單細胞是一個rna的盒子，細胞類型是基因特異性表達的結(jié)果?，F(xiàn)在，我們可...
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2020-07-07 單細胞數(shù)據(jù).h5文件轉(zhuǎn)換成seurat對象
第一步：從GEO數(shù)據(jù)庫下載.h5文件 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GS...
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scRNAseq：h5文件轉(zhuǎn)化為matrix表達矩陣前言 ??今天想跟大家分享一下單細胞分析中的一個需求，就是如何將h5的表達量文件轉(zhuǎn)化為常見的表達矩陣。大部分情況下，我們是不需要用到這個需求，因...
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實驗記錄5：.h5文件解析為.tsv和.mtx格式這篇主要針對Seurat包裝不上hdf5r包的bug而無法使用Read10X_h5這個函數(shù)的讀者。 在使用Seurat包讀取10Xgenomic...
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使用SingleR包進行單細胞類型注釋分析SingleR包簡介 SingleR是一個用于對單細胞RNA-seq測序（scRNA-seq）數(shù)據(jù)進行細胞類型自動注釋的R包（Aran et a...
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SeuratData內(nèi)置數(shù)據(jù)集的安裝使用
SeuratData SeuratData是一種使用R的內(nèi)部軟件包和數(shù)據(jù)管理系統(tǒng)以Seurat對象形式分發(fā)數(shù)據(jù)集的機制。它為用戶提供了一種訪問S...
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