Structure分析 Structure分析使用了與進化樹和PCA截然不同的算法，所以能夠解決后兩者不能解決的問題。先預設群體由若干亞群(k=...
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重測序分析（11）群體進化分析之structure分析 -
群體進化選擇消除分析要做選擇性消除分析，首先就要把如下的理論記住熟記于心。 中性進化假說： 分子水平上，生物的演化或物種的進化并不是自然選擇引起的，而是由中性/近中...
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計算SNPs間的連鎖不平衡（LD，linkage disequilibrium）基本概念 連鎖不平衡（LD，linkage disequilibrium）是指 不同基因座（loci）的等位基因（allele）之間非隨機（no...
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WGCNA（4）：通過WGCNA進行模塊可視化在前面的帖子中介紹了數(shù)據(jù)的導入和清洗，網(wǎng)絡構建的兩種方法，模塊與性狀的關聯(lián)，這篇文章將介紹如果進行模塊可視化。WGCNA（1）：R包安裝及數(shù)據(jù)導...
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基因流分析——Treemix基本概念： 基因流（也稱基因遷移） 是指從一個物種的一個種群向另一個種群引入新的遺傳物質，從而改變群體“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入...
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從群體基因組數(shù)據(jù)推斷祖先
最近看了一篇綜述，粗略翻譯一下文獻：Padhukasahasram, B. (2014). Inferring ancestry from po...
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snpEff使用說明（下）-SnpEff注釋SNP/INDEL上一期，給大家介紹了SnpEff注釋數(shù)據(jù)庫。這一期著重介紹SnpEff的命令，最后一期介紹注釋結果解析 準備文件已經(jīng)注釋好的物種SnpEff注釋...
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根據(jù)bam文件按特定區(qū)間長度統(tǒng)計測序深度并畫折線圖展示結果
第一步使用bwa將測序結果比對到參考基因組，獲得sam格式文件 sam轉換為bam并排序 統(tǒng)計測序深度用到的軟件是BamDeal 軟件對應的gi...
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名詞講解：轉座子（TE）、LTR、假基因轉座子參考[http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-1205415.html]轉座子數(shù)據(jù)庫 Trep[ht...
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GWAS全基因組關聯(lián)分析流程（BWA+samtools+gatk+Plink+Admixture+Tassel）
我梳理了GWAS全基因組關聯(lián)分析的整個流程，并提供了基本的命令，用到的軟件包括BWA、samtools、gatk、Plink、Admixture...
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