MUMmer 4 是一個快速比對 DNA 或蛋白序列的軟件，最常用的 program 就是 nucmer 和 promer，分別是比對核苷酸和氨...
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序列比對軟件 MUMmer 簡單上手（一）
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RAxML建最大似然樹教程（Linux）
RAxML最新的幫助手冊下載網(wǎng)址： https://cme.h-its.org/exelixis/resource/download/NewMa...
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2023-07-21 變異位點(snp,indel)檢測-GATK，snpEff
軟件安裝 根據(jù)INDEL信息批量設(shè)計引物 SnpEff注釋軟件安裝 如何去除indel位點？gatk如何統(tǒng)計某個變異位點頻率？https://b...
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2023-07-21 IsoSeq3利用pacbio測序數(shù)據(jù)進行全長轉(zhuǎn)錄本序列分析
使用IsoSeq3利用pacbio測序數(shù)據(jù)進行全長轉(zhuǎn)錄本序列分析，為了得到更準(zhǔn)確的基因注釋作準(zhǔn)備，但價格昂貴，且無法進行表達量分析
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GWAS | 4.群體遺傳結(jié)構(gòu)、PCA、進化樹
所有的分析都需要對snp進行LD過濾 常見的群體結(jié)構(gòu)的分析方法有admixture分析、系統(tǒng)發(fā)生數(shù)分析以及主成分分析等。 1、admixture...
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SnpEff使用方法
SnpEff使用方法 SnpEff 軟件通過基因組結(jié)構(gòu)注釋數(shù)據(jù)（GTF文件），對VCF文件中的SNP/InDel信息進行注釋，即主要解釋了SNP...
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全基因組重測序數(shù)據(jù)分析
注：本次使用的數(shù)據(jù)為不同品種李子重測序 1.準(zhǔn)備工作 首先下載相應(yīng)的參考基因組及注釋文件{本次使用的參考基因組為三月李的，參考基因組從薔薇科植物...
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同源基因鑒定 | OrthoFinder 2.0 + MAFFT + IQtree
寫在前面 寫這個貼子純粹為了記錄一下自己的雙面打工人的生活，然后再總結(jié)一下自己的工作方法還有哪些地方存在問題，希望下次再遇到這些小問題的時候可以...
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2023-02-08對候選基因(GWAS\轉(zhuǎn)錄組)進行GO注釋（氣泡圖和柱形圖）目前網(wǎng)上的教程大多是模式植物，或者是非模式物種的重新構(gòu)建的教程。今天分享一個新的方法，對非模式植物研究中獲得的基因（例如：GWAS、轉(zhuǎn)錄組差異基...
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生信步驟｜MAFFT結(jié)合HMMER進行多序列比對和基于隱馬模型的基因搜索蛋白質(zhì)都是由相似的小型結(jié)構(gòu)域組成的。如果我們有若干個已知的蛋白序列，那我們就可以根據(jù)這些蛋白序列比較其含有的保守域，尋找在蛋白數(shù)據(jù)庫中上是否也有...
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