歡迎關(guān)注：oddxix 有問(wèn)題，歡迎后臺(tái)溝通 概念 廣義：轉(zhuǎn)錄組（transcriptome）是特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄本的總和。同一細(xì)胞在...
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收錄了35篇文章 · 67人關(guān)注
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【轉(zhuǎn)錄組-1】RNAseq基本知識(shí)
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轉(zhuǎn)錄組分析實(shí)戰(zhàn)第五節(jié)：EdgeR對(duì)表達(dá)量矩陣進(jìn)行基因表達(dá)差異分析通過(guò)前期的基因定量，我們通過(guò)RSEM或者Kallisto這些工具得到了每個(gè)基因或者轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量矩陣。輸出的矩陣包含了基因以及在各個(gè)樣本中的表達(dá)...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計(jì)學(xué)問(wèn)題（一）為什么是負(fù)二項(xiàng)分布？1. 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)推斷的難題 在RNA-seq中進(jìn)行兩組間的差異分析是最正常不過(guò)的了。 我們?cè)谄渌鼘?shí)驗(yàn)中同樣會(huì)遇到類(lèi)似的分析，通常，我們可以用...
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【分享】使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq數(shù)據(jù)分析易如反掌原文來(lái)自這里，略編輯 摘要 簡(jiǎn)單且高效地分析RNA測(cè)序數(shù)據(jù)的能力是Bioconductor的核心優(yōu)勢(shì)。 RNA-seq分析通常從基因水平的序列計(jì)...
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RNA-seq分析：從fastq到差異表達(dá)基因
RNA-seq的數(shù)據(jù)分析是比較簡(jiǎn)單基礎(chǔ)的分析，大概流程就是處理下機(jī)的fastq數(shù)據(jù)（trimmomatic），比對(duì)到人類(lèi)基因組（hisat2）然...
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一套limma、edgeR的實(shí)戰(zhàn)【上】劉小澤寫(xiě)于18.10.26今晚10.15開(kāi)始寫(xiě)，先寫(xiě)這么多吧，明天繼續(xù) 第一部分 背景介紹 選用GEO數(shù)據(jù)：GSE63310 從雌性小鼠乳腺中提...
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開(kāi)心回歸～復(fù)習(xí)下之前的學(xué)習(xí)內(nèi)容劉小澤寫(xiě)于18.11.12 半年之前我和花花成立了“生信星球”，轉(zhuǎn)眼過(guò)得好快，我們每天都能和愛(ài)生信的小伙伴們交流，還辦了9期培訓(xùn)，灰常開(kāi)心終于可...
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富集分析
寫(xiě)在前面： 1某些富集代碼[http://www.itdecent.cn/p/5d82acad6008] |關(guān)于GSEA[https:/...
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APAtrap的使用網(wǎng)站：https://sourceforge.net/projects/apatrap/ 說(shuō)明書(shū)：https://sourceforge.net...
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一個(gè)完整的RNA-seq分析pipeline之HISAT2+ StrintTie+ Ballgown以及StringTie和Kallisto的比較(包括得到FPKM、TPM、readscounts)最重要的參考鏈接 https://pmbio.org/course/#module-06-rnaseq github鏈接：https://git...
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