無(wú)生物學(xué)重復(fù)RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expr...
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無(wú)生物學(xué)重復(fù)RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biol... -
GFOLD摸索
用到GFOLD是因?yàn)槲夷玫搅藳](méi)有重復(fù)的樣本，所以試試，第一次做，歡迎大家和我討論參考文獻(xiàn)是：GFOLD大部分安裝參考這篇博客我也用到了CORNA...
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nature級(jí)別圖表：一個(gè)注釋氣泡熱圖函數(shù)（適用于單細(xì)胞及普通數(shù)據(jù)）之前我們寫(xiě)過(guò)一個(gè)函數(shù)，主要是展示單細(xì)胞比例圖（nature級(jí)別圖表：?jiǎn)渭?xì)胞轉(zhuǎn)錄組細(xì)胞比例統(tǒng)計(jì)可視化函數(shù)[http://mp.weixin.qq....
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R包 clusterProfiler 比較不同dataset富集結(jié)果生物信息分析中，接觸最多的莫過(guò)于基因富集分析，故在此基礎(chǔ)上目前已經(jīng)開(kāi)發(fā)了很多種富集分析工具，如網(wǎng)頁(yè)版的DAVID、KOBAS、GOEAST，We...
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無(wú)參轉(zhuǎn)錄組序列組裝 — Trinity轉(zhuǎn)錄組分析策略 轉(zhuǎn)錄組分析策略根據(jù)有無(wú)參考轉(zhuǎn)錄組可以分為兩類(lèi)： 有參比對(duì)—定量—差異分析—功能富集分析等 無(wú)參組裝—定量—差異分析—功能富集分析...
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轉(zhuǎn)錄組分析--step2 差異分析以下內(nèi)容根據(jù)生信技能樹(shù)Jimmy老師代碼按個(gè)人習(xí)慣修改而成，歡迎討論共同進(jìn)步三種最常用的方法都試一下看看，用function定義函數(shù)的寫(xiě)法比較整...
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三種差異分析的整理針對(duì)測(cè)序數(shù)據(jù)和芯片數(shù)據(jù)，目前常用差異分析的R包有edgeR、limma、DESeq2，做一簡(jiǎn)單比較，方便平時(shí)分析。內(nèi)容多為搬運(yùn)，主要方便下次尋找...
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【轉(zhuǎn)錄組學(xué)】如何進(jìn)行一步到位的fastq到差異分析，kallisto拯救你(一)傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組的分析想必大家已經(jīng)非常熟悉，無(wú)非是質(zhì)控 -> 比對(duì) -> 組裝 ->定量 -> 差異分析 -> 差異表達(dá)基因功能富集分析這個(gè)套路。目前...
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轉(zhuǎn)錄組分析5——差異表達(dá)分析差異表達(dá)分析內(nèi)容：? 基因表達(dá)量的標(biāo)準(zhǔn)化方法及可視化? counts，RPKM，F(xiàn)PKM，TPM? PCA圖、熱圖等? 差異表達(dá)分析及可視化? ...
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沒(méi)有生物學(xué)重復(fù)的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)怎么進(jìn)行差異分析？設(shè)置生物學(xué)重復(fù)這個(gè)環(huán)節(jié)也是你實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)很重要的一part，設(shè)置的好對(duì)你下游分析也有利，通常我們做轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，需要的樣本量每組至少為3個(gè)生物學(xué)重復(fù)，...
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