綜合簡書作者們的文章以及自己操作，綜合整理如下，以備后面使用。有問題歡迎交流Robust enumeration of cell subsets...
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【塊】Cibersort.R計算22種免疫細(xì)胞浸潤分?jǐn)?shù) -
TCGA樣本編號什么意思？之前分析TCGA數(shù)據(jù)都是直接匹配barcode，其規(guī)則懂的不多。相信有不少同志也有這方面困惑。 這里給出兩份資料，一份是TCGA官方英文介紹，鏈...
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如何將多個生存分析曲線圖片進行合并拼圖survminer包的ggsurvplot()函數(shù)可以畫好看的生存分析曲線，也可以用分面的方法分面繪制多組圖片（教程可以見我以前給生信助手上的一...
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TCGA生存模型的構(gòu)建以及模型預(yù)測和評估生存模型的構(gòu)建方法包括：1. Lasso回歸；2. Cox多因素回歸；3. 隨機森林；4. 支持向量機 可以把log_rank_test或cox...
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TCGA 數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn) —— GSVA、ssGSEA 和單基因富集分析前言 前面，我們介紹過了差異基因的功能富集分析，今天，我們對這部分的內(nèi)容作一些補充 主要介紹一下 GEVA、ssGSEA 和單基因的富集分析 G...
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TCGA 數(shù)據(jù)分析實戰(zhàn) —— 富集分析前言 通常，在識別完了差異基因之后，都會對差異基因進行功能富集，來獲取差異基因參與的潛在生物學(xué)功能通路或生物學(xué)進程，有助于理解基因之間的作用關(guān)系...
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單/多個基因在組間同時展示的多種選擇：分組小提琴圖、分組/分面柱狀圖、單基因蜂群點圖拼圖繪制這是ggplot2可視化專題的第二個實例操作 【ggplot2的基本思路見前文總論】：基于ggplot2的RNA-seq轉(zhuǎn)錄組可視化：總述和分文...
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estimate 包所有函數(shù)超詳細(xì)解讀及計算免疫浸潤評分estimate包可以通過RNA-seq的數(shù)據(jù)來計算標(biāo)本的免疫及機制評分，進而評估腫瘤的純度，其原理通過特征的腫瘤的RNA-seq的signtu...
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘入門---任意基因的任意分組比較任意基因的任意分組比較是生信技能樹[生信爆款入門課程]TCGA數(shù)據(jù)挖掘部分提到的一個重點。為拓展課堂所學(xué)知識，現(xiàn)在對其做下練習(xí)鞏固和總結(jié)。 1....
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TCGA barcode -- TCGA ID 中每段字符代表什么？開門見山，直接上圖 TCGA barcode 是TCGA項目中生物樣本數(shù)據(jù)的主要標(biāo)識符，接觸過TCGA數(shù)據(jù)的人想必對這一串由數(shù)字、字母和短橫線所...
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