vcf文件儲存的是樣本的變異信息文件，在同一批次分析中，如果不是采用joint calling的方式進行分析，最終會獲得單個樣本的變異數(shù)據(jù)。這種...
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多款軟件進行vcf合并-gatk、vcftools、bcftools
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MUMMER 兩個基因組間比較MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測序技術(shù)剛開始發(fā)展的時候，大家得到的序列都是單個基因的長度，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA...
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Fst的計算原理與實戰(zhàn)
概念回顧 Fst：群體間遺傳分化指數(shù)，是種群分化和遺傳距離的一種衡量方法，分化指數(shù)越大，差異越大。適用于亞群體間多樣性的比較。 用于衡量種群分化...
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作圖群體概念及分類介紹這是很多年前做的關(guān)于作圖群體的PPT，懶得再排版了，直接截圖上傳了，需要PPT的可以私信小編。在介紹作圖群體前我們先看一下之類性狀和數(shù)量性狀的差...
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「GATK 3.8」FastaStats和CountReads介紹
GATK的本職工作是Variant calling，但是就像我之前所說的，它作為基因組分析工具箱，還是有很多其他工具，今天學(xué)習(xí)的是診斷和質(zhì)量控制...
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「簡化基因組」如何過濾用GATK分析得到的SNPGATK官方提供了一個SNP過濾的標(biāo)準(zhǔn)，howto-apply-hard-filters-to-a-call-set,如果你按照它的要求來過濾簡...
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生信學(xué)習(xí)筆記：使用SNP data做基因滲入分析 (1)
最近想用自己有的數(shù)據(jù)做一下基因滲入的分析。由于之前沒有了解過太多這方面的知識，于是從github上找到了一份不錯的教程，借此機會與大家一起學(xué)習(xí)一...
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LD衰減圖的理解與應(yīng)用
在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是最常見的分析內(nèi)容，也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)。如何正確理解并且進行相關(guān)的LD連鎖不平衡分析是群體遺傳中很基本的一...
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連鎖不平衡（LD）分析。在群體遺傳學(xué)研究中，LD連鎖不平衡分析是非常常見的內(nèi)容，同時也是關(guān)聯(lián)分析的基礎(chǔ)。在很多的遺傳進化GWAS的文章中都會出現(xiàn)LD衰減或者block單...
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PCA的分析
常用的工具 PCA分析中常用的工具有GCTA中的PCA模塊，老牌的軟件EIGENSOFT中的smartpca，還有很多最近推出的R包都能夠做PC...
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