基因類型鑒定 基因組的組裝和注釋完成，得到配套的基因組和注釋文件之后，可以利用gffread軟件提取對應的gene的cds，pep序列。應運而生...
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「基因組」基因組分析之鑒定基因類型 -
基于orthofinder 結果構建物種樹
串聯(lián)法 orthofinder 已經生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列，可以直接使用。找到orthofinder 已經生成好單拷貝基因串聯(lián)的序列，Spe...
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比較基因組分析-數(shù)據準備
比較基因組分析，首先需要選定要比較的物種，然后下載這些物種的基因組數(shù)據。 基因組數(shù)據準備 數(shù)據準備1.基因結構注釋文件， gff/gtf格式2....
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生信步驟｜MAFFT結合HMMER進行多序列比對和基于隱馬模型的基因搜索蛋白質都是由相似的小型結構域組成的。如果我們有若干個已知的蛋白序列，那我們就可以根據這些蛋白序列比較其含有的保守域，尋找在蛋白數(shù)據庫中上是否也有...
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最新11+單基因泛癌純生信，值得學習！影響因子：11.6關于單基因泛癌分析，我們已經介紹了很多。小編最近也篩選到一些結果比較好的基因，需要做深入分析的歡迎交流喔。 研究概述：APOB...
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OrthoFinder2：直系同源基因的尋找以及Orthogroup構建
OrthoFinder2算法解讀 1）基因樹的構建， 尋找序列之間的同源關系（相似度的計算）：diamond，blast，mmseq2 基因樹的...
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2023-01-09 用GenomicFeatures包計算基因長度本文包括內容： 1. 基因長度定義 非冗余外顯子(EXON)長度之和;挑選基因的最長轉錄本 ;選取多個轉錄本長度的平均值;非冗余 CDS 長度之...
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提取最長cds mRNA gene
使用方法 好像Pyfastx比biopython讀取序列的速度更快，或許可以試一試pyfastx
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進化樹構建與節(jié)點名批量修改今天介紹的小工具是Multi-omics Hammer的ptree_rename功能，主要用于批量修改進化樹節(jié)點的名稱。 提到進化樹，必然需要提...
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【基因組學】水稻常用基因組數(shù)據庫介紹水稻常用數(shù)據庫介紹 ????近幾年隨著測序數(shù)據量呈井噴式增長，涌現(xiàn)出一大批優(yōu)秀的數(shù)據庫。而水稻和擬南芥分別作為植物研究中單雙子葉的模式植物，其基...
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