水稻常用數(shù)據(jù)庫(kù)介紹
????近幾年隨著測(cè)序數(shù)據(jù)量呈井噴式增長(zhǎng)，涌現(xiàn)出一大批優(yōu)秀的數(shù)據(jù)庫(kù)。而水稻和擬南芥分別作為植物研究中單雙子葉的模式植物，其基因組信息得到了很大程度的挖掘。下面我結(jié)合自己對(duì)水稻基因組數(shù)據(jù)庫(kù)兩年多的使用經(jīng)驗(yàn)，向大家介紹一下常用的水稻基因組數(shù)據(jù)庫(kù)。如有不全之處還望大家多多指正。
1. RAP-db
[RAP-db]: https://rapdb.dna.affrc.go.jp/
????我們知道水稻有秈粳之分，粳稻由于其本身抗性較好，遺傳轉(zhuǎn)化較為容易等優(yōu)點(diǎn)，受到了科研人員的青睞，粳稻中的代表性品種當(dāng)屬日本晴。這個(gè)網(wǎng)站最初由日本人創(chuàng)立，并且每年都會(huì)有更新。你可以在這個(gè)網(wǎng)站使用GBrowse查看基因的分布、根據(jù)基因號(hào)或簡(jiǎn)稱查找基因的功能和序列、使用blast搜索同源基因、使用ID Converter來(lái)轉(zhuǎn)換基因號(hào)等等。最近他們更新了秈稻Kasalath的序列，對(duì)基因分化感興趣的伙伴可以去挖掘一下。
2.MSU-RGAP
[MSU-RGAP]: http://rice.uga.edu/index.shtml
????RGAP是另一個(gè)受人們青睞的粳稻數(shù)據(jù)庫(kù)，也是以日本晴作為參考基因組來(lái)注釋的。最開(kāi)始由密歇根州立大學(xué)牽頭(最近他們似乎搬到了Georgia)，通過(guò)gene ID可以和RAP-db進(jìn)行基因名的轉(zhuǎn)換，還可以進(jìn)行g(shù)o和kegg的搜索。(近幾年的水稻基因組高分文章基本上都是采用的它的命名規(guī)則,我也不知道為何)
3. 秈稻注釋網(wǎng)站RIGW
[RIGW]: http://rice.hzau.edu.cn/
???與粳稻相比，秈稻的種植面積更廣，遺傳多樣性也更高。因此國(guó)內(nèi)由華中農(nóng)大牽頭，對(duì)優(yōu)良的秈稻品種珍山97（ZS97）和明恢63（MH63）構(gòu)建了高質(zhì)量的參考基因組，提供基因組學(xué)，轉(zhuǎn)錄組學(xué)，蛋白質(zhì) – 蛋白質(zhì)相互作用（PPIs），代謝網(wǎng)絡(luò)，代謝物和計(jì)算工具等，并且還可以做CRISPR靶點(diǎn)的選擇。
4. 整合數(shù)據(jù)庫(kù)Gramene
[Gramene]: https://www.gramene.org/
?????水稻不僅秈粳分化嚴(yán)重，并且同一亞種間的分化也很嚴(yán)重，Gramene把人們研究較多的亞種各挑出一個(gè)代表來(lái)作為指示。Gramene是一個(gè)開(kāi)源的，通過(guò)比較功能基因組學(xué)整合數(shù)據(jù)資源的網(wǎng)站。這里面羅列了不同水稻亞種的基因組信息，包括普通野生稻Oryza rufipogon，印度野生稻Oryza nivara，非洲栽培稻Oryza glaberrima等等。里面有一個(gè)功能我覺(jué)得對(duì)做信號(hào)傳導(dǎo)的朋友有所幫助，稱為Plant Reactome，它會(huì)把報(bào)道的基因的信號(hào)網(wǎng)絡(luò)串聯(lián)起來(lái)，形成信號(hào)網(wǎng)絡(luò)，如生長(zhǎng)發(fā)育信號(hào)、次生代謝途徑、生物或非生物脅迫等。當(dāng)然了，這和大牛寫(xiě)的綜述是大同小異的，不同的是你可以在網(wǎng)站看到具體的數(shù)據(jù)，而不僅僅是基因上下游的關(guān)系。
5. 3K Rice Genome Project
????由作科所牽頭，對(duì)世界范圍的3000余份水稻進(jìn)行了重測(cè)序分析，構(gòu)建了最大的水稻變異信息數(shù)據(jù)集，對(duì)水稻基因組學(xué)研究和育種應(yīng)用提供了豐富的變異資源。
Data available https://registry.opendata.aws/3kricegenome/
SNP-Seek：http://snp-seek.irri.org
交大版本：https://cgm.sjtu.edu.cn/3kricedb/index.php
6. Rice RC
Rice RC:http://ricerc.sicau.edu.cn/
????由四川農(nóng)業(yè)大學(xué)牽頭，利用nanopore、轉(zhuǎn)錄組、Hi-C等技術(shù)構(gòu)建了33個(gè)高質(zhì)量的水稻基因組，并且挖掘出其中的結(jié)構(gòu)變異和拷貝數(shù)變異，用來(lái)解釋作物的馴化、產(chǎn)量等差異，對(duì)促進(jìn)水稻育種和功能基因組學(xué)的研究具有重要的意義。
7.R498 & ZH11
Website：http://mbkbase.org/R498/
????主要記錄了秈稻R498和粳稻ZH11的基因組信息，但是從2018年開(kāi)始就沒(méi)有更新了。
后記：
????其實(shí)水稻中還有許多優(yōu)秀的種質(zhì)資源的信息，如遺傳學(xué)大牛Rod wing 發(fā)表在NG上的對(duì)野生稻的測(cè)序；國(guó)內(nèi)韓斌老師和黃學(xué)輝老師對(duì)水稻pan genome的研究等等。因篇幅有限，下次有機(jī)會(huì)再單獨(dú)聊一聊。
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