系列筆記基于達(dá)澈生物講座視頻，從中初步學(xué)習(xí)了解生信分析中常遇到的組學(xué)分析技術(shù)。ChIP-seq和 CUT&Tag、CUT&RUN講座視頻筆記 -...
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Ribo-seq講座視頻筆記 -
改造IGV （八）- 基于RNAseq測序數(shù)據(jù) - 人工進(jìn)行基因結(jié)構(gòu)注釋矯正寫在前面 課題組目前做一些基因組相關(guān)工作。了解基因組的朋友應(yīng)該明白，基因結(jié)構(gòu)注釋錯(cuò)誤幾乎遍布所有基因組，包括我們目前看到的大多數(shù)即使是發(fā)表在頂級...
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在IGV里同時(shí)查看多個(gè)region/gene之前使用IGV查看ChIP-seq結(jié)果的時(shí)候，一般就是只看某一個(gè)基因附近的peaks，或者同時(shí)打開好幾個(gè)IGV界面(sessions)查看多個(gè)基...
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我可能是最后一個(gè)知道IGV也可以overlap Track的
之前一直非常眼饞Gviz的這個(gè)overlay功能。 因?yàn)槲覀冏鯟hIP-Seq的時(shí)候，會(huì)有IP和Input。盡管我們可以在發(fā)文章的時(shí)候，在IGV...
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【基因組學(xué)】使用IGV可視化查看基因組重測序比對結(jié)果寫在前面IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化，因此廣泛應(yīng)用于基因組學(xué)的研究中。下面我以windows下的IGV為例，介紹一下IGV在查看基因組變異...
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使用Excel對read counts表達(dá)矩陣進(jìn)行簡單的差異分析獲得read counts的表達(dá)矩陣后，一般來說可以用DESeq2、limma和edgeR等R包進(jìn)行差異比較分析。 本文將展示利用Excel進(jìn)行...
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circRNA-miRNA-mRNA相關(guān)筆記1. circbase（http://www.circbase.org/）用于查找circRNA的序列。 2. TargetScan（https...
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雙端測序fastq及sam文件理解最近在做一些bam文件質(zhì)控的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)沒有深入理解一些文件格式，只是參考別人代碼跑數(shù)據(jù)，感覺心里是很虛的，仔細(xì)查了些資料，才有了初步的了解，主要...
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fastq格式文件及phred33的判斷Fastq格式文件儲(chǔ)存了生物序列的信息及其質(zhì)量信息。以電腦中的一個(gè)文件的為例 1 格式說明 第一行：必須@開頭，緊跟唯一的序列的ID標(biāo)識(shí)符，后面...
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線粒體相關(guān)基因的數(shù)據(jù)庫最近想看線粒體代謝相關(guān)基因在自己測序數(shù)據(jù)中是否有差異，找了好久，沒找到一個(gè)合適的基因列表，早上真的是太太幸運(yùn)啦！??！我搜了下mitochondr...
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