差異基因鑒定 基因表達(dá)標(biāo)準(zhǔn)化 不同樣品的測序量會有差異，最簡單的標(biāo)準(zhǔn)化方式是計算counts per million (CPM)，即原始read...
投稿
收錄了20篇文章 · 3人關(guān)注
-
DESeq2差異基因分析和批次效應(yīng)移除 -
RNA-seq(7): DEseq2篩選差異表達(dá)基因并注釋(bioMart)============================================寫在前面：可以參考另外一篇《得到差異基因后怎么做？[ht...
-
clusterProfiler優(yōu)雅對非模式物種進(jìn)行KEGG富集分析
最近在寫進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的分析文檔，前面介紹了如何根據(jù)差異基因繪制火山圖，今天來介紹如何通過clusterProfiler包對非模式物種進(jìn)行KEG...
-
如何快速獲得正確的gene symbol
作者：童蒙編輯：angelica 由于基因一般有別名、或者因為excel的轉(zhuǎn)換、人為錯誤等其他原因，使得基因名容易有錯誤。對于人和小鼠，有標(biāo)準(zhǔn)名...
-
配對差異分析與非配對差異分析的區(qū)別
作者：oct審稿：童蒙編輯：amethyst 配對差異分析經(jīng)常應(yīng)用在腫瘤配對樣本的差異分析中。在腫瘤研究中，通常需要進(jìn)行腫瘤組織與相鄰正常組織之...
-
五分鐘看完：怎樣不讀文獻(xiàn)而快速找到值得研究的基因？生物醫(yī)學(xué)研究中總免不了對單基因或是某基因家族的分析，這樣“優(yōu)秀”的基因需要在疾病表達(dá)、臨床病理特征、以及其他生物層面具有顯著的意義，如免疫相關(guān)、...
-
lncRNA高分機制思路-1：調(diào)控臨近基因表達(dá)lncRNA是個神奇的分子，被研究了很多年，可依然還有大量的高分文章發(fā)表。小編收集了2020.06以來的lncRNA文獻(xiàn)，發(fā)現(xiàn)超過10分的機制文...
-
轉(zhuǎn)錄組分析實戰(zhàn)第五節(jié)：EdgeR對表達(dá)量矩陣進(jìn)行基因表達(dá)差異分析通過前期的基因定量，我們通過RSEM或者Kallisto這些工具得到了每個基因或者轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)量矩陣。輸出的矩陣包含了基因以及在各個樣本中的表達(dá)...
-
轉(zhuǎn)錄組入門（8）：差異基因結(jié)果注釋作業(yè)要求 我們統(tǒng)一選擇p<0.05而且abs(log2FC)大于1的基因為顯著差異表達(dá)基因集，對這個基因集用R包做KEGG/GO超幾何分布檢驗分...
-
RNAseq 必讀綜述和在線教程最近讀到一篇博文，介紹了學(xué)習(xí) RNAseq 數(shù)據(jù)分析非常推薦的兩篇綜述和七個在線教程并發(fā)表了相關(guān)評論。本文將進(jìn)行簡要整理并對相關(guān)評論內(nèi)容進(jìn)行大致...
{var%20f='http://v.t.sina.com.cn/share/share.php?appkey=1881139527',u=z||d.location,p=['&url=',e(u),'&title=',e(t||d.title),'&source=',e(r),'&sourceUrl=',e(l),'&content=',c||'gb2312','&pic=',e(p||'')].join('');function%20a(){if(!window.open([f,p].join(''),'mb',['toolbar=0,status=0,resizable=1,width=440,height=430,left=',(s.width-440)/2,',top=',(s.height-430)/2].join('')))u.href=[f,p].join('');};if(/Firefox/.test(navigator.userAgent))setTimeout(a,0);else%20a();})(screen,document,encodeURIComponent,'','','https://upload.jianshu.io/collections/images/1968173/1633796679.jpg', '推薦專題《轉(zhuǎn)錄組》（ 分享自 @簡書 ）','http://www.itdecent.cn/c/e05a9fb86e82?utm_campaign=maleskine&utm_content=collection&utm_medium=reader_share&utm_source=weibo','頁面編碼gb2312|utf-8默認(rèn)gb2312'));){kind=link}