首先，目前腸道微生物聯(lián)系最緊密的三種代謝產(chǎn)物是氨基酸、短鏈脂肪酸或膽汁酸，以這三種代謝產(chǎn)物做靶向檢測(cè)與微生物組學(xué)做關(guān)聯(lián)分析也占絕大多數(shù)。否則，便...
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代謝組學(xué)如何結(jié)合16S 測(cè)序與宏基因組測(cè)序 -
一個(gè)高雜合真菌基因組組裝腳本（改代碼版）
前言及背景 什么是基因組de?novo測(cè)序？其是對(duì)某一物種進(jìn)行高通量測(cè)序，利用高性能計(jì)算平臺(tái)和生物信息學(xué)方法，在不依賴于參考基因組的情況下進(jìn)行組...
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邊際分布曲線圖的繪制
思路和方法，學(xué)習(xí)重點(diǎn)是數(shù)據(jù)的篩選拆分、用多個(gè)表格的數(shù)據(jù)繪制分組圖表，圖層（Layer）的管理。 數(shù)據(jù)的篩選與拆分 原始數(shù)據(jù)依照《ggplot2:...
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高維數(shù)據(jù)可視化Visualizing data using t-SNE
t-SNE高維數(shù)據(jù)可視化（python）這篇文章非常好，貼出來的代碼，直接可正確運(yùn)行。 t-SNE算法理解：An illustrated int...
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Origin 也能做主成分分析？
最早了解到主成分分析（Principal Component Analysis，PCA）是在一位師兄的畢業(yè)答辯上，當(dāng)時(shí)聽得是云里霧里，一頭霧水。...
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如何用Origin完成圖表排版？
Origin的工程文件管理功能還是很不錯(cuò)的，在一個(gè)工程文件中可以新建多個(gè)文件夾，每個(gè)文件夾中又可存放很多表格和圖表，非常便于實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和結(jié)果的管理...
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如何利用單細(xì)胞測(cè)序研究乳腺發(fā)育分化
乳腺上皮細(xì)胞（mammary epithelial cells，MECs）結(jié)構(gòu)特征以及發(fā)育過程中如何受到調(diào)控，對(duì)于理解乳腺癌發(fā)生至關(guān)重要。 本研...
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TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)下載正常樣本最近因?yàn)橐恍┬枨笤谘芯縏CGA數(shù)據(jù)庫(kù)。關(guān)于TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)下載，隨便搜搜就有很多文章，方法多樣，可以通過R包也可以通過TCGA提供的官方下載器...
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NCBI上基因組文件格式及解釋
最近在對(duì)于一些關(guān)于基因組的數(shù)據(jù)進(jìn)行處理，發(fā)現(xiàn)如果在NCBI上下載一個(gè)物種例如E. coil的基因組序列之后，有很多并不常見的文件類型，例如.as...
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批量下載JGI（phytozome植物基因組數(shù)據(jù)庫(kù)）數(shù)據(jù)寫在前面 今天課題組師妹與我提到，其要下載Phytozome上的所有數(shù)據(jù)。這個(gè)事情，我在早在幾年前干過。不過前年有整了一次。整體簡(jiǎn)單，以下附上之...
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