無(wú)意中翻到生信大神果子老師和洲更老師神仙大家的帖子，樣本足夠多時(shí)非參數(shù)檢驗(yàn)就夠用了（DESeq2可以先等等）。wx搜索：《學(xué)好統(tǒng)計(jì)，我10分鐘就...
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TCGA差異分析|1.非參數(shù)檢驗(yàn)
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TCGA數(shù)據(jù)挖掘下載流程 數(shù)據(jù)較多時(shí)，用gdc-client，下載后配置環(huán)境變量 將之前manifest下載的txt文件找到：“gdc_manifest_202...
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基于R對(duì)TCGA患者臨床數(shù)據(jù)整理和Cox分析
一、數(shù)據(jù)整理 1 導(dǎo)入數(shù)據(jù) 利用data.table包導(dǎo)入數(shù)據(jù)，以LUAD為例 2 選擇感興趣的臨床信息 一般常規(guī)項(xiàng)包括submitter_id...
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TCGA樣本編號(hào)什么意思？之前分析TCGA數(shù)據(jù)都是直接匹配barcode，其規(guī)則懂的不多。相信有不少同志也有這方面困惑。 這里給出兩份資料，一份是TCGA官方英文介紹，鏈...
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從TCGA下載的臨床數(shù)據(jù)處理下載的臨床數(shù)據(jù)因?yàn)槲曳治龅谋容^簡(jiǎn)單，所以就只講KM生存分析和階段分析。1、數(shù)據(jù)下載 這個(gè)很簡(jiǎn)單，你選擇你關(guān)心的腫瘤類(lèi)型，然后加入購(gòu)物車(chē)，然后點(diǎn)擊...
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等了好久的B站TCGA筆記（1-2章）B站視頻地址：https://www.bilibili.com/video/av49363776?from=search&seid=177090...
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TCGAbiolinks下載表達(dá)譜數(shù)據(jù)及臨床數(shù)據(jù)加載包 library(TCGAbiolinks)library(dplyr)library(DT)library(SummarizedExpe...
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TCGA的差異基因分析在分析TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)里的RNA-seq數(shù)據(jù)之前，先了解一下TCGA樣本的id名稱(chēng)里的小秘密：參考文章：TCGA的樣本id里藏著分組信息 根據(jù)文章...
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TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)介紹
轉(zhuǎn)載：https://biozx.top/TCGA-introduce.html[https://biozx.top/TCGA-introduc...
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TCGA數(shù)據(jù)整合后進(jìn)行DESeq2差異表達(dá)分析和基于R的多種可視化測(cè)序上游分析系列： mRNA-seq轉(zhuǎn)錄組二代測(cè)序從raw reads到表達(dá)矩陣：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量測(cè)序...
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