前言 對跨物種的RNA-seq進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化和差異分析已知是一個問題，而目前對此類問題的相關(guān)研究還比較少，有用RPKM進(jìn)行各物種之間標(biāo)準(zhǔn)化的，也有基...
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跨物種RNA-seq標(biāo)準(zhǔn)化及差異表達(dá) -
構(gòu)建一個近乎完整的植物基因組前言 植物基因組大小跨越幾個數(shù)量級，倍性和雜合性變化，以及新舊基因組轉(zhuǎn)座子變化等帶來組裝挑戰(zhàn)。三代和物理圖譜提供了新機(jī)會，單倍型定相、結(jié)構(gòu)變異分...
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轉(zhuǎn)載|VCF變異統(tǒng)計及繪制染色體分布圖
VCF文件的變異分布圖，除了使用Circos圖之外，統(tǒng)計特定材料間的變異分布情況時可能會用到染色體分布圖，為了節(jié)省時間，實(shí)現(xiàn)統(tǒng)計及繪圖的自動化，...
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系統(tǒng)進(jìn)化樹簡介及構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹學(xué)習(xí)筆記。 系統(tǒng)進(jìn)化樹簡介 系統(tǒng)進(jìn)化樹（Phylogenetic tree）：用一種類似樹狀分支圖形來概括各節(jié)點(diǎn)之間的進(jìn)化關(guān)系，節(jié)點(diǎn)可...
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我的SNP calling和核心SNP(core SNP)聚類分析流程
個人進(jìn)行SNP分析用的軟件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy]，主要是可以一次批量完成。準(zhǔn)備工...
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【文獻(xiàn)分享】Zoonomia projectZoonomia project: 120余個未曾報道的哺乳類基因組數(shù)據(jù)集原標(biāo)題： A comparative genomics multito...
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【名詞解釋】synteny / collinearity / identity / similarity / homology1. synteny 和 collinearity 用來描述基因組的共線性 synteny 共線性：同源基因在相應(yīng)染色體上的保留collinea...
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「摸魚快報002」一個系統(tǒng)發(fā)育和系統(tǒng)基因組學(xué)分析的教程合集https://github.com/mmatschiner/tutorials 在github上看到一個關(guān)于phylogenetic and ...
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orthmcl 物種進(jìn)化樹建樹實(shí)戰(zhàn)從orthomcl結(jié)果中挑選出單拷貝基因，并建立一個單拷貝文件 pick_single_gene.py 每一列為一個物種（groups.txt_...
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Orthofinder運(yùn)行結(jié)果文件解讀OrthoFinder結(jié)果文件 運(yùn)行標(biāo)準(zhǔn)OrthoFinder會產(chǎn)生一系列文件：直系同源組、直系同源、基因樹、物種樹、基因復(fù)制事件、比較基因組學(xué)...
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