前言 對跨物種的RNA-seq進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化和差異分析已知是一個問題,而目前對此類問題的相關(guān)研究還比較少,有用RPKM進(jìn)行各物種之間標(biāo)準(zhǔn)化的,也有基...
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前言 對跨物種的RNA-seq進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化和差異分析已知是一個問題,而目前對此類問題的相關(guān)研究還比較少,有用RPKM進(jìn)行各物種之間標(biāo)準(zhǔn)化的,也有基...
前言 植物基因組大小跨越幾個數(shù)量級,倍性和雜合性變化,以及新舊基因組轉(zhuǎn)座子變化等帶來組裝挑戰(zhàn)。三代和物理圖譜提供了新機(jī)會,單倍型定相、結(jié)構(gòu)變異分...
VCF文件的變異分布圖,除了使用Circos圖之外,統(tǒng)計特定材料間的變異分布情況時可能會用到染色體分布圖,為了節(jié)省時間,實(shí)現(xiàn)統(tǒng)計及繪圖的自動化,...
系統(tǒng)進(jìn)化樹學(xué)習(xí)筆記。 系統(tǒng)進(jìn)化樹簡介 系統(tǒng)進(jìn)化樹(Phylogenetic tree):用一種類似樹狀分支圖形來概括各節(jié)點(diǎn)之間的進(jìn)化關(guān)系,節(jié)點(diǎn)可...
個人進(jìn)行SNP分析用的軟件是snippy[https://github.com/tseemann/snippy],主要是可以一次批量完成。準(zhǔn)備工...
Zoonomia project: 120余個未曾報道的哺乳類基因組數(shù)據(jù)集原標(biāo)題: A comparative genomics multito...
1. synteny 和 collinearity 用來描述基因組的共線性 synteny 共線性:同源基因在相應(yīng)染色體上的保留collinea...
https://github.com/mmatschiner/tutorials 在github上看到一個關(guān)于phylogenetic and ...
從orthomcl結(jié)果中挑選出單拷貝基因,并建立一個單拷貝文件 pick_single_gene.py 每一列為一個物種(groups.txt_...
OrthoFinder結(jié)果文件 運(yùn)行標(biāo)準(zhǔn)OrthoFinder會產(chǎn)生一系列文件:直系同源組、直系同源、基因樹、物種樹、基因復(fù)制事件、比較基因組學(xué)...