sample dataset：下載Single-cell analysis of mouse cortex或者GEO數(shù)據(jù)庫(kù)下載GSE60361數(shù)...
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R包SCENIC:input數(shù)據(jù)準(zhǔn)備
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ggplot2繪圖學(xué)習(xí)-箱線圖和小提琴圖最近考種數(shù)據(jù)回來(lái)了，今年測(cè)得單株，本想用箱線圖表示，后來(lái)一并把小提琴圖也做了，順便做個(gè)筆記吧。 利用SUMIF對(duì)相同rowname數(shù)據(jù)合并 首先...
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【ggplot2】同時(shí)繪制多個(gè)圖1.利用facet_grid 代碼如下：準(zhǔn)備數(shù)據(jù)ini<-read.table('ini')fina<-read.table('finalTOP...
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10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄seurat包提取表達(dá)量畫小提琴圖10xGenomics單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄seurat包提取表達(dá)量畫小提琴圖 需求提取表達(dá)畫小提琴圖對(duì)噪音處理 需求 其實(shí)seurat包已經(jīng)有畫小提琴圖的...
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R語(yǔ)言可視化學(xué)習(xí)筆記之基因組數(shù)據(jù)可視化本文主要利用ggpubr包來(lái)探索基因組數(shù)據(jù),主要是可視化TCGA基因組數(shù)據(jù)的基因表達(dá)譜。 TCGA是一個(gè)包含大量癌癥數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)庫(kù)，由Marcin...
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DoubletFinder
相信各位做單細(xì)胞的童鞋們，都遇到過(guò)去除多細(xì)胞的情況，而Cellranger默認(rèn)的是前1%（3000cell），對(duì)于低質(zhì)量的細(xì)胞有了算法來(lái)確認(rèn)是否...
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ggpubr包系列學(xué)習(xí)教程(六)使用ggscatter函數(shù)繪制散點(diǎn)圖 加載所需R包 基本用法： Usage 常用參數(shù)： Arguments 使用示例： Examples 參考來(lái)...
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conda 安裝R語(yǔ)言及其R包
00 緣起 最新的R 3.5 版本特別難安裝，而且很多新的包只能在R3.5版本上工作。之前用 make source 的方式總是出錯(cuò)，R3.5的...
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R語(yǔ)言—ggplot2畫圖如何截?cái)?y 軸原創(chuàng) 2018.5.31 星期四 小雨 biolearn 如何利用 R 實(shí)現(xiàn)從 A 圖到 B 圖？ 只需要三步，畫下面一半，畫上面一半...
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使用ComplexHeatmap包繪制熱圖加載所需R包 構(gòu)建測(cè)試數(shù)據(jù)集 使用Heatmap函數(shù)繪制熱圖 使用HeatmapAnnotation函數(shù)構(gòu)建注釋對(duì)象 使用add_heatmap...
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