劉小澤寫(xiě)于19.1.20-21要進(jìn)行GO或者KEGG富集分析，就需要知道每個(gè)基因?qū)?yīng)什么樣的GO/KEGG分類(lèi)，OrgDb就是存儲(chǔ)不同數(shù)據(jù)庫(kù)基因...
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測(cè)序了，然后呢（四）有了OrgDb才能進(jìn)行富集分析 -
6. GWAS：主成分分析——GCTA利用協(xié)方差矩陣，特征值和特征向量將高緯變量投影到數(shù)個(gè)低維變量的過(guò)程； PCA分析的過(guò)程就是從千萬(wàn)級(jí)別的SNP位點(diǎn)中提取關(guān)鍵信息，以便使用更少的變...
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ggpubr包系列學(xué)習(xí)教程(六)使用ggscatter函數(shù)繪制散點(diǎn)圖 加載所需R包 基本用法： Usage 常用參數(shù)： Arguments 使用示例： Examples 參考來(lái)...
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基因功能注釋根據(jù)已有的蛋白庫(kù)，對(duì)從基因組上提取到的蛋白序列進(jìn)行比對(duì)，從而獲得相應(yīng)的信息。 常用的數(shù)據(jù)庫(kù)： Nr：NCBI官方非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)，包括PDB, ...
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R語(yǔ)言中dplyr包join函數(shù)之目前我看到過(guò)的最形象的教程所涉及的函數(shù) Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_joi...
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轉(zhuǎn)錄組全記錄：從rawdata到DEG功能富集
寫(xiě)在前面：本文是新手學(xué)習(xí)全記錄，僅供參考，歡迎交流！ 1. rawdata 1.1 QC 1.2 數(shù)據(jù)量統(tǒng)計(jì) 調(diào)用工具：iTools使用： 2....
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R繪圖的生物學(xué)家（8）： Heatmaps終于寫(xiě)這個(gè)課程的最后一章節(jié)了，之前就因?yàn)橐荒钪?，拖了不知道多久。這樣的事情，我想已經(jīng)遇到過(guò)無(wú)數(shù)次了，有些事情不及時(shí)去解決，那么肯定會(huì)拖很久，你...
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ggplot2高效實(shí)用指南簡(jiǎn)介 文章較長(zhǎng)，點(diǎn)擊直達(dá)我的博客，瀏覽效果更好。本文內(nèi)容基本是來(lái)源于STHDA，這是一份十分詳細(xì)的ggplot2使用指南，因此我將其翻譯成中文，...
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從零開(kāi)始學(xué)Circos繪制圈圖（一）一般基因組文章都會(huì)有下面這種酷炫圖，用來(lái)描述基因組的基因密度分布，轉(zhuǎn)座子的密度分布，和其他物種或者多倍體的多套染色體間的共線(xiàn)性關(guān)系，以及其他各種...
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