1. 轉錄組數(shù)據(jù)統(tǒng)計推斷的難題 在RNA-seq中進行兩組間的差異分析是最正常不過的了。 我們在其它實驗中同樣會遇到類似的分析，通常，我們可以用...
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RNA-seq中的那些統(tǒng)計學問題（一）為什么是負二項分布？ -
RNA-seq中的那些統(tǒng)計學問題（二）FPKM/RPKM之外的那些標準化方法目錄 1. 標準化1.1. House-keeping gene(s)1.2. spike-in1.3. CPM1.4. TCS1.5. Qua...
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困擾的batch effect一、什么是批次效應 批次效應（batch effect），表示樣品在不同批次中處理和測量產生的與試驗期間記錄的任何生物變異無關的技術差異。批次效...
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R相關性分析和相關性熱圖相關性分析 相關性分析是指對兩個或多個具備相關性的變量元素進行分析，從而衡量兩個變量因素的相關密切程度。相關性分析旨在研究兩個或兩個以上隨機變量...
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featurecounts的使用說明官網(wǎng)：http://subread.sourceforge.net/ 一、原理 文獻參考：featureCounts: an efficient...
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計算FPKM、TPM以及FPKM to TPM之前已經(jīng)簡單學習了測序raw counts的FPKM標準化[http://www.itdecent.cn/p/302300b7d782]，接下...
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名詞解釋：測序深度&RPKM、FKPM、TPM
測序深度(Sequencing Depth) 相當于測了幾遍； 指測序得到的總堿基數(shù)（bp）與所測物種基因組大小的比值，其是評價測序量的重要指標...
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基于BWT算法的比對軟件原理解析（BWA & Bowtie & Bowtie2）參考：踏踏實實做技術：BWA，Bowtie，Bowtie2的比對算法推導 mapping pipline remove multiple map...
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RPKM,FPKM,RPM,TPM的區(qū)別
淺談RPKM,FPKM,RPM,TPM的區(qū)別 在RNA-Seq的分析中，我們常用RPKM、FPKM和TPM作為轉錄組數(shù)據(jù)定量的表示方法。它們都是...
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BWT比對算法簡介 BWT算法在多款序列比對軟件（BWA，bowtie）中都有涉及，那么對于RNA-seq的2代數(shù)據(jù)，一般建庫長度是單端300bp，雙端各15...
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