參考基因組和注釋文件 Posted on 2018-06-30 21:27 微涼charles 閱讀(1240) 評論(0) 編輯 收藏 作業(yè)要...
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參考基因組和注釋文件 -
Trim Galore ——自動檢測adapter的質(zhì)控軟件之前分析過的測序數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)質(zhì)量都很好，給了我一個錯覺質(zhì)控的前后差別不是很大，內(nèi)心里對質(zhì)控這一步也就不是很重視，跑完質(zhì)控有時也懶得看結(jié)果，拿到一批...
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測序數(shù)據(jù)質(zhì)控統(tǒng)計（轉(zhuǎn)載）引言： 隨著NGS測序成本的降低，高通量測序分析變得越來越普遍。然而，在實際工作中，生信人員往往拿到測序公司提供的數(shù)據(jù)之后，就直接開始跑流程，去...
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FastQC及MultiQC整合使用FastQC FastQC 是一個基于Java寫的測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估軟件。因為是用跨平臺的語言Java寫的，自然而然FastQC應(yīng)是可以在不同系統(tǒng)...
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2、RNAseq(2)--測序原始數(shù)據(jù)處理（Clean data）1、fastq文件 一般我們從公司里得到的原始測序數(shù)據(jù)都是屬于fastq.gz文件, .gz是一種壓縮格式的縮寫，于是首先第一步是對這些壓縮格式...
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cutadapt 使用詳解Cutadapt安裝 基本命令 例子： 常用參數(shù) 參數(shù)詳解 Removing adapters Adapter 移除 Anchored 5’ a...
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參考基因組及注釋下載
現(xiàn)有比對工具在做mapping之前，都需要下載對應(yīng)物種的參考基因組做index，而如何選擇合適的參考基因組是一件非常重要的事情。 現(xiàn)有的參考基因...
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2bit文件轉(zhuǎn)換為fa格式文件 2019-10-22
處理數(shù)據(jù)時，需用到小鼠的基因組，于是在UCSC上面下載了小鼠的mm10基因組，但是是2bit格式，無fa文件， 不過說明中有提到2bit轉(zhuǎn)換fa...
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Bioconda 安裝與使用
個人學(xué)習(xí)筆記，轉(zhuǎn)載鏈接如下：作者：Hypdoctor鏈接：http://www.itdecent.cn/p/b42e5d8127db來源：簡書著...
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可以從fasta中提取基因序列的4款軟件
前言 ??做生分析有時候需要從基因組fasta文件中提取基因的序列，對于這個需求有不少現(xiàn)成的軟件可以來實現(xiàn)，今天來跟大家分享4款可以完成這個需求...
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