一. 簡介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP檢測的軟件,可以通過分析得到核心...
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一. 簡介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP檢測的軟件,可以通過分析得到核心...
對于各位小伙伴來說,無論是自己獨(dú)立進(jìn)行高通量測序數(shù)據(jù)分析,還是解讀公司的測序結(jié)果,一個必須要面對的情況就是高通量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制,又稱Qual...
一、什么是進(jìn)化樹 系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹 (Phylogenetic tree):** 一般也叫系統(tǒng)進(jìn)化樹,進(jìn)化樹。它可以利用樹狀分支圖形來表示各物種或...
首先利用muscle進(jìn)行多序列比對:“muscle -in 序列文件.fasta -out 輸出的比對結(jié)果文件.fasta”。 再利用raxml...
Github/mmatschiner的phylogenetic & phylogenomic學(xué)習(xí)教程記錄【一】多序列比對;核算替換模型的選擇;最...
寫在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長一段時間了。不過我一直并沒有使用它。主要原因是,常用的快速構(gòu)建ML樹的軟件是FastTree,如果要求準(zhǔn)...
分子進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)生 進(jìn)化的故事:拉馬克與用進(jìn)廢退 拉馬提出進(jìn)廢退理論。他說生物經(jīng)常使用的器官會逐漸發(fā)達(dá),不經(jīng)常使用的器官會逐漸退化。而且這種后天...
自2015年文章正式發(fā)表以來,iqtree以其快速精準(zhǔn)的建樹和全面的功能在競爭激烈的系統(tǒng)發(fā)育樹(phylogenetics)領(lǐng)域快速躥紅,并廣受...
IQ-TREE:最大似然法構(gòu)建精確、快速、靈活、廣泛的系統(tǒng)發(fā)育樹 IQ-TREE自2011年就已經(jīng)開發(fā)并開源,至今都有專業(yè)團(tuán)隊(duì)維護(hù),其名字來源于...
最近Orthofinder2開始陸續(xù)更新,文章已經(jīng)投發(fā)到biorkix上,在網(wǎng)上搜了一圈,關(guān)于Orthofinder的使用的中文教程幾乎是空白的...