一. 簡介 Snippy[https://github.com/tseemann/snippy]是一款用于SNP檢測的軟件，可以通過分析得到核心...
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八. SNP檢測和進(jìn)化分析（Snippy）
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植物基因組學(xué)-fastp進(jìn)行高通量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控對于各位小伙伴來說，無論是自己獨(dú)立進(jìn)行高通量測序數(shù)據(jù)分析，還是解讀公司的測序結(jié)果，一個必須要面對的情況就是高通量測序數(shù)據(jù)的質(zhì)量控制，又稱Qual...
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一文讀懂進(jìn)化樹（圖文詳解）一、什么是進(jìn)化樹 系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹 (Phylogenetic tree)：** 一般也叫系統(tǒng)進(jìn)化樹，進(jìn)化樹。它可以利用樹狀分支圖形來表示各物種或...
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在linux中構(gòu)建基因進(jìn)化樹
首先利用muscle進(jìn)行多序列比對：“muscle -in 序列文件.fasta -out 輸出的比對結(jié)果文件.fasta”。 再利用raxml...
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Phylogenomic_Tutorial || ML_Tree inferenceGithub/mmatschiner的phylogenetic & phylogenomic學(xué)習(xí)教程記錄【一】多序列比對；核算替換模型的選擇；最...
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IQ-TREE的使用 - 超快速用極大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹
寫在前面 我知道IQ-tree已經(jīng)有很長一段時間了。不過我一直并沒有使用它。主要原因是，常用的快速構(gòu)建ML樹的軟件是FastTree，如果要求準(zhǔn)...
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【生信課程】04-分子進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)生-山東大學(xué)-生物信息學(xué)分子進(jìn)化與系統(tǒng)發(fā)生 進(jìn)化的故事：拉馬克與用進(jìn)廢退 拉馬提出進(jìn)廢退理論。他說生物經(jīng)常使用的器官會逐漸發(fā)達(dá)，不經(jīng)常使用的器官會逐漸退化。而且這種后天...
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進(jìn)化樹軟件iqtree升級至2.0！自2015年文章正式發(fā)表以來，iqtree以其快速精準(zhǔn)的建樹和全面的功能在競爭激烈的系統(tǒng)發(fā)育樹（phylogenetics）領(lǐng)域快速躥紅，并廣受...
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IQ-TREE最大似然法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹的神器IQ-TREE：最大似然法構(gòu)建精確、快速、靈活、廣泛的系統(tǒng)發(fā)育樹 IQ-TREE自2011年就已經(jīng)開發(fā)并開源，至今都有專業(yè)團(tuán)隊(duì)維護(hù)，其名字來源于...
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生信基因功能分析工具：Orthofinder使用教程
最近Orthofinder2開始陸續(xù)更新，文章已經(jīng)投發(fā)到biorkix上，在網(wǎng)上搜了一圈，關(guān)于Orthofinder的使用的中文教程幾乎是空白的...
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