https://github.com/nservant/HiC-Pro[https://github.com/nservant/HiC-Pro]...
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HiC-Pro安裝記錄2025-11-10 -
序列比對軟件 MUMmer 結(jié)果可讀化處理（四）
關于該軟件的計算可選參數(shù)以及結(jié)果文件的解讀，見前三篇分享： 序列比對軟件 MUMmer 快速上手（一）[https://www.jianshu....
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GFF文件和基因組文件提取mRNA,cds,protein序列首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,轉(zhuǎn)錄本序列 接下來我們利用組合工具來提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列...
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MUMMER 兩個基因組間比較MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測序技術剛開始發(fā)展的時候，大家得到的序列都是單個基因的長度，所以一般都是逐個基因的比較，用的都是BLAST或FASTA...
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【腳本搬運工】convert gbff to gff/fasta
寫在前面從NCBI下載的注釋文件通常是gbff格式的，而我們平時做上游分析用到的大多數(shù)為gff或gtf文件，那么這兩種格式之間怎么進行轉(zhuǎn)換呢。一...
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【基因組學】使用IGV可視化查看基因組重測序比對結(jié)果寫在前面IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化，因此廣泛應用于基因組學的研究中。下面我以windows下的IGV為例，介紹一下IGV在查看基因組變異...
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利用masurca進行混合二、三代測序數(shù)據(jù)基因組組裝
現(xiàn)在組裝新基因組，一般用pacbio的hifi測序模式進行olc組裝+Hi-c輔助組裝染色體就行了，但是我們實驗室以前測了一些基因組是低覆蓋度的...
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基因組組裝----SOAPdenovo21.基因組組裝的流程 基因組組裝的大概流程如下： (1) 測序得到raw reads序列。 (2) Reads質(zhì)量評估。 (3) 原始reads...
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基因注釋：MAKER3安裝（非root）
在該頁面登記后會彈出下載鏈接：http://weatherby.genetics.utah.edu/cgi-bin/registration/m...
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RepeatModeler+RepeatMasker的安裝與使用一：RepeatMasker安裝 在基因組注釋中第一步就是重復序列的屏蔽，目前常用的從頭注釋pipeline就是RepeatModeler + ...
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