https://github.com/nservant/HiC-Pro[https://github.com/nservant/HiC-Pro]...
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https://github.com/nservant/HiC-Pro[https://github.com/nservant/HiC-Pro]...
關于該軟件的計算可選參數(shù)以及結(jié)果文件的解讀,見前三篇分享: 序列比對軟件 MUMmer 快速上手(一)[https://www.jianshu....
首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,轉(zhuǎn)錄本序列 接下來我們利用組合工具來提取mRNA,和gene序列 注意用bedtools提取序列...
MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測序技術剛開始發(fā)展的時候,大家得到的序列都是單個基因的長度,所以一般都是逐個基因的比較,用的都是BLAST或FASTA...
寫在前面從NCBI下載的注釋文件通常是gbff格式的,而我們平時做上游分析用到的大多數(shù)為gff或gtf文件,那么這兩種格式之間怎么進行轉(zhuǎn)換呢。一...
寫在前面IGV能夠?qū)⒒蚪M的變異情況可視化,因此廣泛應用于基因組學的研究中。下面我以windows下的IGV為例,介紹一下IGV在查看基因組變異...
現(xiàn)在組裝新基因組,一般用pacbio的hifi測序模式進行olc組裝+Hi-c輔助組裝染色體就行了,但是我們實驗室以前測了一些基因組是低覆蓋度的...
1.基因組組裝的流程 基因組組裝的大概流程如下: (1) 測序得到raw reads序列。 (2) Reads質(zhì)量評估。 (3) 原始reads...
在該頁面登記后會彈出下載鏈接:http://weatherby.genetics.utah.edu/cgi-bin/registration/m...
一:RepeatMasker安裝 在基因組注釋中第一步就是重復序列的屏蔽,目前常用的從頭注釋pipeline就是RepeatModeler + ...