發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：福建
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利用QTL-seq軟件進(jìn)行BSA定位分析最近逛Github，發(fā)現(xiàn)一個(gè)新出的BSA自動(dòng)化流程，就叫QTL-seq[https://github.com/YuSugihara/QTL...
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一套比較簡(jiǎn)便的基因組組裝流程V2.0
之前寫過(guò) 一套比較簡(jiǎn)便的基因組組裝流程[http://www.itdecent.cn/p/a736b1b4b188]，時(shí)間快2年了，現(xiàn)在新技術(shù)...
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利用quickmerge對(duì)基因組組裝的contig去重
quickmerge是一個(gè)用來(lái)去除基因組組裝中的重復(fù)的軟件。 該軟件沒(méi)有單獨(dú)的文章，是作為某個(gè)基因組組裝中的衍生腳本。該基因組文章是 Impro...
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利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組，前面contig的組裝難度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后，contig掛載...
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利用masurca進(jìn)行混合二、三代測(cè)序數(shù)據(jù)基因組組裝
現(xiàn)在組裝新基因組，一般用pacbio的hifi測(cè)序模式進(jìn)行olc組裝+Hi-c輔助組裝染色體就行了，但是我們實(shí)驗(yàn)室以前測(cè)了一些基因組是低覆蓋度的...
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一套比較簡(jiǎn)便的基因組組裝流程
這套流程主要特點(diǎn)是消耗資源比較少，1G以內(nèi)的基因組，內(nèi)存不要低于128G，最好能搞到256G，但是再多對(duì)這套流程用不上，更大的基因組沒(méi)有測(cè)試過(guò)。...
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rnaflow 一個(gè)新的全自動(dòng)RNA_Seq數(shù)據(jù)分析流程最近接了個(gè)幫學(xué)院其他老師分析水稻轉(zhuǎn)錄組的活，但是媳婦趕著畢業(yè)，要幫她搞文章和數(shù)據(jù)，沒(méi)空干這個(gè)，自己雖然會(huì)分析轉(zhuǎn)錄組，但是一直沒(méi)有實(shí)現(xiàn)自動(dòng)...
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多線程將SRA文件轉(zhuǎn)化為fastq.gz文件
利用NCBI數(shù)據(jù)進(jìn)行分析的時(shí)候，遇到的第二個(gè)問(wèn)題就是如何將SRA文件轉(zhuǎn)化為常用的fastq文件。 NCBI官方提供的SRAtoo...
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利用aria2快速下載SRA數(shù)據(jù)SRA數(shù)據(jù)就不多說(shuō)了，目前我遇到的問(wèn)題是，學(xué)校網(wǎng)絡(luò)不太行，怎么批量快速的下載？ 時(shí)代久遠(yuǎn)，原來(lái)我是怎么獲得大量的SRA下載地址已...