http://dalexander.github.io/admixture/admixture-manual.pdf[http://dalexander.github.io/...
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最近逛Github,發(fā)現(xiàn)一個(gè)新出的BSA自動(dòng)化流程,就叫QTL-seq[https://github.com/YuSugihara/QTL-seq#qtl-seq-us...
@深山夕照深秋雨OvO 就是這個(gè) merged_nodups.txt文件有用 下一步掛載就用這個(gè)文件
利用Juicer v2.0掛載染色體最近在搞基因組,前面contig的組裝難度不大,用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后,contig掛載成染色體,可以采用高密度遺傳連...
@MrBlack_092c 不要用juicer2 這玩意有問題 大概率是那個(gè)juice-tools有問題 作者搞著搞著不開發(fā)了
利用Juicer v2.0掛載染色體最近在搞基因組,前面contig的組裝難度不大,用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后,contig掛載成染色體,可以采用高密度遺傳連...
基因流(也稱基因遷移)是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì),從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因,是遺傳變異一個(gè)非常重要的來源,...
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的輔助組裝,它的最大優(yōu)勢(shì)就是輸出結(jié)果可以對(duì)接下游的JBAT(juicerbox with Assembly Tools)進(jìn)行手動(dòng)矯正。然...
介紹如何使用SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行GWAS分析,軟件選擇為emmax和tassel。 軟件選擇 emmaxplinkqqmanCMplot 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 vcf文件:all_snp.vc...
之前寫過 一套比較簡(jiǎn)便的基因組組裝流程[http://www.itdecent.cn/p/a736b1b4b188],時(shí)間快2年了,現(xiàn)在新技術(shù),新方法出來了,有更好的的方法...
基因組結(jié)構(gòu)注釋主要包括三個(gè)方面:從頭注釋(de novo prediction)、同源注釋(homology-based prediction)以及基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋(tra...
背景介紹 verkko是一個(gè)最新的可以應(yīng)用于二倍體基因組T2T(telomere-to-telomere)級(jí)別的基因組組裝的組裝軟件。 2022年9月14號(hào)李恒在主題為Pac...
Kmer是從測(cè)序數(shù)據(jù)中滑窗提取出的長(zhǎng)度為k的寡聚核苷酸序列,可以評(píng)估基因組大小、雜合度、重復(fù)序列比例等。在測(cè)序reads均勻分布的前提下,有以下公式:基因組長(zhǎng)度 = 總堿基數(shù)...
quickmerge是一個(gè)用來去除基因組組裝中的重復(fù)的軟件。 該軟件沒有單獨(dú)的文章,是作為某個(gè)基因組組裝中的衍生腳本。該基因組文章是 Improved Genome Asse...
最近在搞基因組,前面contig的組裝難度不大,用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后,contig掛載成染色體,可以采用高密度遺傳連...
前言 Comparing SVs between two genome:use whole-genome alignment 1、MUMmer4 MUMmer is a sy...
數(shù)據(jù)分析實(shí)在太難了,差異分析到底怎么跑啊,怎么才不出錯(cuò)呀!coldata到底怎么構(gòu)建呀……!別慌,傻瓜包來了!它就是simpleRNA,居然只要兩條命令就能跑完復(fù)雜的RNA差...
現(xiàn)在組裝新基因組,一般用pacbio的hifi測(cè)序模式進(jìn)行olc組裝+Hi-c輔助組裝染色體就行了,但是我們實(shí)驗(yàn)室以前測(cè)了一些基因組是低覆蓋度的pacbio的clr模式測(cè)序+...