http://dalexander.github.io/admixture/admixture-manual.pdf[http://dalexander.github.io/...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：福建
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admixture 群體結(jié)構(gòu)分析 -
利用QTL-seq軟件進(jìn)行BSA定位分析最近逛Github，發(fā)現(xiàn)一個(gè)新出的BSA自動(dòng)化流程，就叫QTL-seq[https://github.com/YuSugihara/QTL-seq#qtl-seq-us...
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@深山夕照深秋雨OvO 就是這個(gè) merged_nodups.txt文件有用 下一步掛載就用這個(gè)文件
利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組，前面contig的組裝難度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后，contig掛載成染色體，可以采用高密度遺傳連...
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@MrBlack_092c 不要用juicer2 這玩意有問題 大概率是那個(gè)juice-tools有問題 作者搞著搞著不開發(fā)了
利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組，前面contig的組裝難度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后，contig掛載成染色體，可以采用高密度遺傳連...
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群體進(jìn)化分析--基因流及群體歷史分析——我愿稱之為史上最全基因流（也稱基因遷移）是指從一個(gè)物種的一個(gè)種群向另一個(gè)種群引入新的遺傳物質(zhì)，從而改變?nèi)后w“基因庫”的組成。通過基因交流向群體中引入新的等位基因，是遺傳變異一個(gè)非常重要的來源，...
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關(guān)于基因組分析中用到的一切軟件，方法，知識(shí)等
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什么年代了，還在用傳統(tǒng)的3D-DNA？
之前使用的是3D-DNA流程做Hi-C的輔助組裝，它的最大優(yōu)勢(shì)就是輸出結(jié)果可以對(duì)接下游的JBAT(juicerbox with Assembly Tools)進(jìn)行手動(dòng)矯正。然...
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重測(cè)序分析（15）GWAS分析實(shí)操（1）gwas_emmax介紹如何使用SNP數(shù)據(jù)進(jìn)行GWAS分析，軟件選擇為emmax和tassel。 軟件選擇 emmaxplinkqqmanCMplot 數(shù)據(jù)準(zhǔn)備 vcf文件：all_snp.vc...
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一套比較簡(jiǎn)便的基因組組裝流程V2.0
之前寫過 一套比較簡(jiǎn)便的基因組組裝流程[http://www.itdecent.cn/p/a736b1b4b188]，時(shí)間快2年了，現(xiàn)在新技術(shù)，新方法出來了，有更好的的方法...
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基因組結(jié)構(gòu)注釋軟件列表
基因組結(jié)構(gòu)注釋主要包括三個(gè)方面：從頭注釋（de novo prediction）、同源注釋（homology-based prediction）以及基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)注釋（tra...
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用verkko組裝基因組
背景介紹 verkko是一個(gè)最新的可以應(yīng)用于二倍體基因組T2T（telomere-to-telomere）級(jí)別的基因組組裝的組裝軟件。 2022年9月14號(hào)李恒在主題為Pac...
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基因組survey——K-mer頻譜Kmer是從測(cè)序數(shù)據(jù)中滑窗提取出的長(zhǎng)度為k的寡聚核苷酸序列，可以評(píng)估基因組大小、雜合度、重復(fù)序列比例等。在測(cè)序reads均勻分布的前提下，有以下公式：基因組長(zhǎng)度 = 總堿基數(shù)...
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利用quickmerge對(duì)基因組組裝的contig去重
quickmerge是一個(gè)用來去除基因組組裝中的重復(fù)的軟件。 該軟件沒有單獨(dú)的文章，是作為某個(gè)基因組組裝中的衍生腳本。該基因組文章是 Improved Genome Asse...
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利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組，前面contig的組裝難度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后，contig掛載成染色體，可以采用高密度遺傳連...
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生信分析|MUMmer4+SyRi
前言 Comparing SVs between two genome：use whole-genome alignment 1、MUMmer4 MUMmer is a sy...
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比較與進(jìn)化基因組分析
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兩條命令就跑完RNA差異分析數(shù)據(jù)分析實(shí)在太難了，差異分析到底怎么跑啊，怎么才不出錯(cuò)呀！coldata到底怎么構(gòu)建呀……！別慌，傻瓜包來了！它就是simpleRNA，居然只要兩條命令就能跑完復(fù)雜的RNA差...
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利用masurca進(jìn)行混合二、三代測(cè)序數(shù)據(jù)基因組組裝
現(xiàn)在組裝新基因組，一般用pacbio的hifi測(cè)序模式進(jìn)行olc組裝+Hi-c輔助組裝染色體就行了，但是我們實(shí)驗(yàn)室以前測(cè)了一些基因組是低覆蓋度的pacbio的clr模式測(cè)序+...
