發(fā)簡信
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利用QTL-seq軟件進行BSA定位分析最近逛Github，發(fā)現(xiàn)一個新出的BSA自動化流程，就叫QTL-seq[https://github.com/YuSugihara/QTL...
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一套比較簡便的基因組組裝流程V2.0
之前寫過 一套比較簡便的基因組組裝流程[http://www.itdecent.cn/p/a736b1b4b188]，時間快2年了，現(xiàn)在新技術(shù)...
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利用quickmerge對基因組組裝的contig去重
quickmerge是一個用來去除基因組組裝中的重復(fù)的軟件。 該軟件沒有單獨的文章，是作為某個基因組組裝中的衍生腳本。該基因組文章是 Impro...
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利用Juicer v2.0掛載染色體
最近在搞基因組，前面contig的組裝難度不大，用wtdbg2、raven、mecat2、flye等組裝就可以了。 組裝完畢后，contig掛載...
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利用masurca進行混合二、三代測序數(shù)據(jù)基因組組裝
現(xiàn)在組裝新基因組，一般用pacbio的hifi測序模式進行olc組裝+Hi-c輔助組裝染色體就行了，但是我們實驗室以前測了一些基因組是低覆蓋度的...
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一套比較簡便的基因組組裝流程
這套流程主要特點是消耗資源比較少，1G以內(nèi)的基因組，內(nèi)存不要低于128G，最好能搞到256G，但是再多對這套流程用不上，更大的基因組沒有測試過。...
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rnaflow 一個新的全自動RNA_Seq數(shù)據(jù)分析流程最近接了個幫學(xué)院其他老師分析水稻轉(zhuǎn)錄組的活，但是媳婦趕著畢業(yè)，要幫她搞文章和數(shù)據(jù)，沒空干這個，自己雖然會分析轉(zhuǎn)錄組，但是一直沒有實現(xiàn)自動...
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多線程將SRA文件轉(zhuǎn)化為fastq.gz文件
利用NCBI數(shù)據(jù)進行分析的時候，遇到的第二個問題就是如何將SRA文件轉(zhuǎn)化為常用的fastq文件。 NCBI官方提供的SRAtoo...
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利用aria2快速下載SRA數(shù)據(jù)SRA數(shù)據(jù)就不多說了，目前我遇到的問題是，學(xué)校網(wǎng)絡(luò)不太行，怎么批量快速的下載？ 時代久遠，原來我是怎么獲得大量的SRA下載地址已...