廢話不多說,直接上干貨。 一、確定腫瘤代碼 TCGA涵蓋30多種癌癥,9000多個(gè)病人,數(shù)據(jù)庫里的癌癥名稱是縮寫的形式,TCGA癌癥中英文對照可...
使用HicPro處理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mi...
由于HIC數(shù)據(jù)目前很難用一個(gè)軟件就能將全套流程全部分析完,從數(shù)據(jù)預(yù)處理到后續(xù)的TAD計(jì)算,loop計(jì)算等需要用到眾多軟件,但是在數(shù)據(jù)格式方面,各...
Hi-C fastq data to valid pair and matrix data format transition.本文總結(jié)了Hi-...
2022年10月26日,岳峰/鄭弘在《nature》雜志上發(fā)表題為 Subtype-specific 3D genome alteration...
大家好這里是有時(shí)候季更,有時(shí)候月更的基因組學(xué)研究生。上一期記錄了ATAC數(shù)據(jù)從Fastq數(shù)據(jù)到bam文件的處理腳本。 ATAC數(shù)據(jù)一鍵處理基因組...
數(shù)據(jù)從下機(jī)fq.gz文件到可用的 .bam文件,每次都需要運(yùn)行去接頭,比對,去復(fù),去MT,shift,排序等... 盡管俺把他們都寫在了一個(gè)...
數(shù)據(jù)分析實(shí)在太難了,差異分析到底怎么跑啊,怎么才不出錯(cuò)呀!coldata到底怎么構(gòu)建呀……!別慌,傻瓜包來了!它就是simpleRNA,居然只要...
最近在寫一些干貨類的文章,關(guān)注基因組學(xué)和生信分析相關(guān)的。前幾天剛申請的公眾號,目前寫了2篇了。 昨天發(fā)布的一篇《如何快速查找高質(zhì)量文獻(xiàn)及其相關(guān)文...