廢話(huà)不多說(shuō)，直接上干貨。 一、確定腫瘤代碼 TCGA涵蓋30多種癌癥，9000多個(gè)病人，數(shù)據(jù)庫(kù)里的癌癥名稱(chēng)是縮寫(xiě)的形式，TCGA癌癥中英文對(duì)照可以參考：TCGA癌癥中英文對(duì)照...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：加州
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TCGA數(shù)據(jù)分析系列（一：數(shù)據(jù)下載清洗） -
HI-C 數(shù)據(jù)分析pipeline（三：AB compartment 區(qū)室計(jì)算）使用HicPro處理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mid=2247483769&id...
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HZAU植科院農(nóng)學(xué)本科畢業(yè)生<br>HZAU信息學(xué)院生信專(zhuān)業(yè)碩士畢業(yè)生<br>目前就職于國(guó)內(nèi)某知名藥企數(shù)據(jù)分析崗位<br>主要擅長(zhǎng)SAS,R,Python,Linux,Shell,Power BI,Power automatic<br>對(duì)爬蟲(chóng)、網(wǎng)站搭建感興趣<br><br>歡迎一起討論呀~<br>簡(jiǎn)書(shū)不定時(shí)查看，有需要?dú)g迎知乎私信:<br><a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fwww.zhihu.com%2Fpeople%2Fcao-kai-30-84" target="_blank">https://www.zhihu.com/people/cao-kai-30-84</a>
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HI-C數(shù)據(jù)分析 pipeline（二：數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換）
由于HIC數(shù)據(jù)目前很難用一個(gè)軟件就能將全套流程全部分析完，從數(shù)據(jù)預(yù)處理到后續(xù)的TAD計(jì)算，loop計(jì)算等需要用到眾多軟件，但是在數(shù)據(jù)格式方面，各大軟件又不一致，所以要進(jìn)行很多...
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HI-C數(shù)據(jù)分析 pipeline（一：上游數(shù)據(jù)預(yù)處理）
Hi-C fastq data to valid pair and matrix data format transition.本文總結(jié)了Hi-C原始數(shù)據(jù)處理流程，以及不同H...
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2019.8月中旬開(kāi)始系統(tǒng)自學(xué)生信，<br>自學(xué)路漫漫索性報(bào)個(gè)班。<br><br>生信技能樹(shù)真的很棒！<br><br>這是我的一個(gè)學(xué)習(xí)筆記平臺(tái)，點(diǎn)滴記錄。
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MSKCC Research Associate<br>別趕不上野心，又辜負(fù)了努力
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3D基因組學(xué)在白血病中的研究進(jìn)展——分子分型、診斷、預(yù)后2022年10月26日，岳峰/鄭弘在《nature》雜志上發(fā)表題為 Subtype-specific 3D genome alteration in acute myelo...
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對(duì)于純生信SCI來(lái)說(shuō)，1分未必就好發(fā)，5分未必就難發(fā)
在正常的情況下，很多人普遍認(rèn)為SCI期刊的影響因子越低，就越好投，就是容易發(fā)表。一般情況下，這樣的思維和想法都是對(duì)的。但是對(duì)于一些特殊類(lèi)的文章，這種想法是行不通的，例如純生信...
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和這樣的女孩談戀愛(ài)最累。
大家好，這里是胡hu蘿卜須。公總號(hào)：胡hu蘿卜須 ▼ 隨著年齡的慢慢增長(zhǎng)，真的越來(lái)越喜歡那種無(wú)負(fù)擔(dān)的戀愛(ài)了。 不喜歡麻煩，不喜歡哄來(lái)哄去。 最好能別給對(duì)方添麻煩，兩人都輕輕松...
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ATAC-seq數(shù)據(jù)可視化——超簡(jiǎn)單教程
大家好這里是有時(shí)候季更，有時(shí)候月更的基因組學(xué)研究生。上一期記錄了ATAC數(shù)據(jù)從Fastq數(shù)據(jù)到bam文件的處理腳本。 ATAC數(shù)據(jù)一鍵處理基因組學(xué)研究生，公眾號(hào)：基因組學(xué)研究...
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GSEA--制作自己需要的gmt文件GSEA文件有8類(lèi)基因集，基本上可以解決80%-90%用到的問(wèn)題，當(dāng)然，我們都還有個(gè)性化需求，這個(gè)時(shí)候就需要我們自己動(dòng)手啦。先來(lái)觀察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all...
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一個(gè)不成熟的小腳本，ATAC數(shù)據(jù)一鍵預(yù)處理從fastq到treated bam
數(shù)據(jù)從下機(jī)fq.gz文件到可用的 .bam文件，每次都需要運(yùn)行去接頭，比對(duì)，去復(fù)，去MT，shift，排序等... 盡管俺把他們都寫(xiě)在了一個(gè)shell中，但是每次還是需要...
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3D Genome可視化工具
3D Genome 可視化工具 可視化工具介紹 4D nucleome （http://www.4dnucleome.org/）項(xiàng)目挺有意思的，即旨在理解核的三維結(jié)構(gòu)加上在時(shí)...
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TPM值的計(jì)算
TPM (推薦軟件，RSEM/Stringtie) 的計(jì)算公式：TPMi=(Ni/Li)*1000000/sum(Ni/Li+……..+ Nm/Lm)Ni：mapping到基...
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開(kāi)心！簡(jiǎn)書(shū)邀我簽約剛帶寶寶賞完牡丹花，回到家，喂完奶，打開(kāi)簡(jiǎn)書(shū)，就看到了一條令人振奮的信息！ 信息內(nèi)容如下：尊敬的簡(jiǎn)書(shū)創(chuàng)作者，您的文章非常優(yōu)秀，我們希望獲得您的授權(quán)。請(qǐng)點(diǎn)擊此鏈接進(jìn)行授權(quán)。 當(dāng)...
