使用HicPro處理fastq data[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5NDAzNTM0OQ==&mid=2247483769&id...
發(fā)簡信
IP屬地：加州
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HI-C 數(shù)據(jù)分析pipeline（三：AB compartment 區(qū)室計(jì)算） -
HI-C數(shù)據(jù)分析 pipeline（一：上游數(shù)據(jù)預(yù)處理）
Hi-C fastq data to valid pair and matrix data format transition.本文總結(jié)了Hi-C原始數(shù)據(jù)處理流程，以及不同H...
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HI-C數(shù)據(jù)分析 pipeline（二：數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)換）
由于HIC數(shù)據(jù)目前很難用一個(gè)軟件就能將全套流程全部分析完，從數(shù)據(jù)預(yù)處理到后續(xù)的TAD計(jì)算，loop計(jì)算等需要用到眾多軟件，但是在數(shù)據(jù)格式方面，各大軟件又不一致，所以要進(jìn)行很多...
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對(duì)于純生信SCI來說，1分未必就好發(fā)，5分未必就難發(fā)
在正常的情況下，很多人普遍認(rèn)為SCI期刊的影響因子越低，就越好投，就是容易發(fā)表。一般情況下，這樣的思維和想法都是對(duì)的。但是對(duì)于一些特殊類的文章，這種想法是行不通的，例如純生信...
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和這樣的女孩談戀愛最累。
大家好，這里是胡hu蘿卜須。公總號(hào)：胡hu蘿卜須 ▼ 隨著年齡的慢慢增長，真的越來越喜歡那種無負(fù)擔(dān)的戀愛了。 不喜歡麻煩，不喜歡哄來哄去。 最好能別給對(duì)方添麻煩，兩人都輕輕松...
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ATAC-seq數(shù)據(jù)可視化——超簡單教程
大家好這里是有時(shí)候季更，有時(shí)候月更的基因組學(xué)研究生。上一期記錄了ATAC數(shù)據(jù)從Fastq數(shù)據(jù)到bam文件的處理腳本。 ATAC數(shù)據(jù)一鍵處理基因組學(xué)研究生，公眾號(hào)：基因組學(xué)研究...
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GSEA--制作自己需要的gmt文件GSEA文件有8類基因集，基本上可以解決80%-90%用到的問題，當(dāng)然，我們都還有個(gè)性化需求，這個(gè)時(shí)候就需要我們自己動(dòng)手啦。先來觀察下GSEA需要的gmt文件格式(h.all...
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一個(gè)不成熟的小腳本，ATAC數(shù)據(jù)一鍵預(yù)處理從fastq到treated bam
數(shù)據(jù)從下機(jī)fq.gz文件到可用的 .bam文件，每次都需要運(yùn)行去接頭，比對(duì)，去復(fù)，去MT，shift，排序等... 盡管俺把他們都寫在了一個(gè)shell中，但是每次還是需要...
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3D Genome可視化工具
3D Genome 可視化工具 可視化工具介紹 4D nucleome （http://www.4dnucleome.org/）項(xiàng)目挺有意思的，即旨在理解核的三維結(jié)構(gòu)加上在時(shí)...
