發(fā)簡信
IP屬地：北京
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使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/mol...
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使用iqtree基于SNP構(gòu)建個(gè)體樹
格式轉(zhuǎn)換 腳本來源：https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip[https://github.com...
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使用iqtree基于SNP構(gòu)建種群/物種樹
格式轉(zhuǎn)換pop.list的第一列是個(gè)體名、第二列是種群名，tab分隔符. cat vcf.to.pomo.py 運(yùn)行iqtree
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將gff3格式轉(zhuǎn)換為bed12格式
注：腳本是用GPT生成的，請自己甄別。 perl gff3_to_bed12.pl in.gff > out.bed12 cat gff3_to...
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使用ccsmeth對PacBio HiFi subreads進(jìn)行call甲基化
參考以下鏈接, 本教程僅作一個(gè)跑通的示例https://github.com/PengNi/ccsmeth[https://github.com...
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從NCBI獲取數(shù)據(jù)直接構(gòu)建Or.eg.db眾所周知ClusterProfiler是目前最 馬賽克 的富集軟件但是除了一些模式物種，大部分物種都沒有相應(yīng)的背景庫，非常痛苦 怎么辦呢？Ann...
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基于gff文件提取最長轉(zhuǎn)錄本的信息
bash get.longest.gff.sh input.gff > longest.gff cat get.longest.gff.sh 有...
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使用jcvi繪制共線性時(shí)，調(diào)整整條染色體的方向
在使用jcvi繪制共線性時(shí)，經(jīng)常遇到整條染色體反了的情況，比如上圖，非常痛苦。 這個(gè)時(shí)候其實(shí)是希望調(diào)整方向，把黑線調(diào)整為藍(lán)線/綠線的情況。 這里...