@Once_9dbc 1. ”沒有數(shù)據(jù)的窗口實在太多“，這就有可能是vcf中的SNP經(jīng)過太多過濾導(dǎo)致的，你可以直接從bam文件轉(zhuǎn)。 2. 在統(tǒng)計的時候，這種數(shù)據(jù)缺失的窗口是要丟掉的；我不知道你結(jié)果里面的NA是不是就是數(shù)據(jù)缺失太多導(dǎo)致的。 我們當(dāng)時做的時候最起碼有一半的窗口因為數(shù)據(jù)缺失都丟掉了。 3. 至于你說的重大偏差，你先用bam轉(zhuǎn)了再看看
Dfoil - 推斷祖先基因流-2. 在一篇講泥炭蘚的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
說明在這個窗口上就沒有序列或者沒有足夠的序列完成分析，沒有序列或者序列不足的窗口扔掉就行
Dfoil - 推斷祖先基因流-2. 在一篇講泥炭蘚的MBE看到了dfoil的使用 《Extensive Genome-Wide Phylogenetic Discordance Is Due to In...
@陶可愛_83e3 序列里面有*，說明有提前的終止密碼子，*不能刪除?？梢詣h掉這種出現(xiàn)提前終止密碼子的基因。
基于OrthoFinder的結(jié)果提取直系同源單拷貝基因建樹0.運行Orthofinder略 1.建樹 https://github.com/yongzhiyang2012/Two_iron_wood_genome_analysis/...
@是山不是海 有審稿人讓我們刪除色體間的互作，原因和你說的一樣
僅作個人筆記 - 基于fithic的輸出結(jié)果統(tǒng)計染色體體間顯著互作的密度-1.更新于2025.4借助于GPT，這個功能一下子就可以實現(xiàn)，下面展示GPT的成果輸出文件可以直接用pheatmap畫圖 cat interact_density_to_m...
注：腳本是用GPT生成的，請自己甄別。 perl gff3_to_bed12.pl in.gff > out.bed12 cat gff3_to_bed12.pl
ANGEs只能得到祖先染色體上基因的順序，得不到祖先染色體的序列。
比如_Q / _P表示基因的先后順序，你翻一下ANGEs的manual，有詳細解釋，我記不清了。
至于祖先染色體的序列，你如果是想拿到祖先整條染色體的序列，我不知道。
但是你如果是想重構(gòu)某個基因/某段序列等等，工具有很多：
https://github.com/veg/hyphy-analyses/tree/master/AncestralSequences;
Cactus也能構(gòu)建祖先序列, 基于比對塊, 但是沒有染色體的信息。
你說的這個負數(shù)的問題我一點印象都莫得了= =
使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
參考以下鏈接, 本教程僅作一個跑通的示例https://github.com/PengNi/ccsmeth[https://github.com/PengNi/ccsmeth...
@1fa8330d5604 不用合并。一一對應(yīng)來畫。
使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
@1fa8330d5604 是的。最后你得到的是祖先染色體在物種中的分布，所以是統(tǒng)一的。
使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
眾所周知ClusterProfiler是目前最 馬賽克 的富集軟件但是除了一些模式物種，大部分物種都沒有相應(yīng)的背景庫，非常痛苦 怎么辦呢？AnnotationForge這個R...
@大A子 我沒用過wgdi提供的這些腳本，輸入文件都是我自己準(zhǔn)備的
WGDI - 推斷祖先核型0.僅作個人筆記使用意思就是只考慮我能不能看懂具體每個參數(shù)的含義參照官方文檔, 這里全部用默認參數(shù)https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
@五個菠蘿八塊八 我用Agora跑完，CAR數(shù)量很多很多，然后我再投給ANGEs，CAR就只有23個了。
每條CAR上有多少基因我不太清楚，我的配置文件就是在簡書里面那個截圖，時間太久了原始文件找不到了- -
使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
那就沒法了，軟件只能做到這了，不死心的話可以看看每個CAR里面都有多少個基因。
比如，是不是大部分CAR，都只有1-2個基因，那這樣的可以不計入祖先核型數(shù)量。
使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
是只有一個基因。
從共同祖先到現(xiàn)在，有三個物種，這個基因在每個物種中都有一份，也就是你看到的3個物種的基因。
使用Agora/ANGEs構(gòu)建祖先核型0.部分參考https://doi.org/10.1093/molbev/msae239[https://doi.org/10.1093/molbev/msae239] 用了...
首先需要看一下軟件作者孫朋川老師的視頻，孫老師做了好幾次講座了，B站有錄屏。
以我的理解，核型就是自己根據(jù)共線性推的。
比如所有物種在X染色體上都有非常良好的共線性，那就認為祖先的X染色體一直傳到現(xiàn)在都沒咋變，那我們就得到祖先核型的第一條染色體了。
具體選哪個物種放進allspp.ancient.input.txt中，盡量挑各種結(jié)構(gòu)重排比較少的物種寫進去。
比如A, B, C, D個物種，你通過共線性發(fā)現(xiàn)D在X染色體上有一個易位，再結(jié)合系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系/最大簡約原則等等推斷出是D發(fā)生了易位，而不是ABC發(fā)生了相同的易位。那就別選D，ABC隨機選一個。
WGDI - 推斷祖先核型0.僅作個人筆記使用意思就是只考慮我能不能看懂具體每個參數(shù)的含義參照官方文檔, 這里全部用默認參數(shù)https://wgdi.readthedocs.io/en/latest/...
主播，不能切片，全基因組call和切片call，切片會少很多SNP，不知道為什么
freebayes快速群體call snp流程優(yōu)化過濾和比對沒什么好說的，fastp + bwa足夠 重點是call snp這塊，GATK作為精度最高的東西，運行速度也是最慢的，卡的要死。有人提出可以使用freebayes進...
bash get.longest.gff.sh input.gff > longest.gff cat get.longest.gff.sh 有的時候還會遇到gtf格式，ba...
在使用jcvi繪制共線性時，經(jīng)常遇到整條染色體反了的情況，比如上圖，非常痛苦。 這個時候其實是希望調(diào)整方向，把黑線調(diào)整為藍線/綠線的情況。 這里提供了一個解決方法：bash ...
-1.refhttps://github.com/gotouerina/Comparative-genomics-script/wiki/03.LASTAL-Alignmen...
