https://github.com/wf8/ChromoSSE[https://github.com/wf8/ChromoSSE] 1.輸入文件的準(zhǔn)備.兩個(gè)文件, 一個(gè)是進(jìn)...
發(fā)簡(jiǎn)信
IP屬地：北京
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ChromoSSE: 染色體數(shù)目進(jìn)化/Chromosome Number Evolution -
簡(jiǎn)書(shū)網(wǎng)2025年1-3月網(wǎng)絡(luò)侵權(quán)舉報(bào)受理處置情況為營(yíng)造健康、積極、合法的網(wǎng)絡(luò)創(chuàng)作環(huán)境，簡(jiǎn)書(shū)平臺(tái)一直致力于打擊網(wǎng)絡(luò)侵權(quán)行為，保護(hù)作者的合法權(quán)益?，F(xiàn)將近期簡(jiǎn)書(shū)平臺(tái)網(wǎng)絡(luò)侵權(quán)舉報(bào)受理及處置情況向廣大用戶及社會(huì)公眾予以通報(bào)。 ...
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利用三代數(shù)據(jù)（ONT or HiFi）進(jìn)行PSMC群體歷史分析
PSMC模型主要利用二代重測(cè)序的比對(duì)結(jié)果進(jìn)行構(gòu)建，看到第一篇用三代構(gòu)建群體歷史的文章，發(fā)表在MBE上，名字叫“Genome Assembly of a Living Foss...
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構(gòu)建所需orgDb，用于clusterProfiler富集分析在clusterProfiler進(jìn)行富集分析時(shí)，發(fā)現(xiàn)目前只支持19個(gè)物種，如果要對(duì)這些物種之外的物種進(jìn)行富集分析則需要自己構(gòu)建orgDb物種包。 1.首先安裝eggnog-m...
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MUMMER 兩個(gè)基因組間比較MUMmer出現(xiàn)的歷史背景測(cè)序技術(shù)剛開(kāi)始發(fā)展的時(shí)候，大家得到的序列都是單個(gè)基因的長(zhǎng)度，所以一般都是逐個(gè)基因的比較，用的都是BLAST或FASTA通過(guò)逐個(gè)基因聯(lián)配的方式搜索數(shù)據(jù)...
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使用Purge_dups去冗余序列
該工具和使用purge_haplogs處理基因組雜合區(qū)域類(lèi)似，但速度更快。 purge_dups能夠根據(jù)read深度分析組裝中haplotigs和overlaps。相對(duì)于另一...
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基因組注釋 從頭預(yù)測(cè)到合并流程
本攻略最早更新在https://github.com/gotouerina/Annotation[https://github.com/gotouerina/Annotati...
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IQtree：使用 SNP 數(shù)據(jù)構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)IQ-tree也是一款最大似然法構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的軟件，目前IQ-tree已經(jīng)更新到2.0版本功能和性能也有很大的提升，主要有四大功能，高效建樹(shù)（efficient tree re...
