使用iqtree基于SNP構(gòu)建個體樹

  1. 格式轉(zhuǎn)換
python vcf2phylip.py  -i in.vcf  -f

腳本來源：https://github.com/edgardomortiz/vcf2phylip

  1. 去除invariant sites
    其實(shí)不用手動去除，只要運(yùn)行一次iqtree，就會報(bào)錯，然后你就會發(fā)現(xiàn)輸出了一個新的phylip文件。
    用新的phylip文件再運(yùn)行iqtree即可。
iqtree  -s in.min4.phy  -m MFP+ASC  -B 1000  -bnni  -T 10  --seed 42  --prefix out  --seqtype DNA
#會輸出一個out.varsites.phy
  1. 建樹
iqtree  -s out.varsites.phy  -m MFP+ASC  -B 1000  -bnni  -T 10  --seed 42  --prefix out  --seqtype DNA
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