摘自“生信技能樹”的《bedtools用法大全》 用來(lái)求兩個(gè)BED或者BAM文件中的overlap，overlap可以進(jìn)行自定義是整個(gè)genom...
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bedtools intersect 的八個(gè)常用案例
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STEP6:WGCNA相關(guān)性分析因?yàn)闃颖緮?shù)量比較可觀，所以可以進(jìn)行WGCNA分析。這里是并不需要選取所有的基因來(lái)做WGCNA分析，挑選的標(biāo)準(zhǔn)可以是top變異程度大的基因集合，或...
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本周文獻(xiàn)-181130：lncRNA文獻(xiàn)信息 標(biāo)題：Global identification of Arabidopsis lncRNAs reveals the regulat...
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LncRNA 概述一、lncRNA的研究背景 表觀遺傳學(xué)是研究基因表達(dá)發(fā)生了可遺傳的改變，而DNA序列不發(fā)生改變的一門生物學(xué)分支，對(duì)細(xì)胞的生長(zhǎng)分化及腫瘤的發(fā)生發(fā)展...
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STEP5:差異表達(dá)的mRNA和lncRNA很明顯，得到了表達(dá)矩陣之后，根據(jù)上面的樣本信息，可以按照年齡，性別，取樣部位來(lái)進(jìn)行分組找差異?？梢詤⒖迹篽ttps://github.com/j...
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「文獻(xiàn)03」從lncRNA的角度進(jìn)一步挖掘發(fā)表過(guò)的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)結(jié)合單細(xì)胞測(cè)序和功能篩選揭示lncRNA H19對(duì)胚胎造血干細(xì)胞發(fā)育的關(guān)鍵作用 日期：2019年1月19日——2019-Week3分類：「思路」...
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STEP9:確認(rèn)LNCRNA是否真的是lncRNA
lncRNA具有一系列獨(dú)特特性，這些特性與編碼蛋白質(zhì)的mRNA有或多或少的區(qū)別。需要將鑒定出的新lncRNA與數(shù)據(jù)庫(kù)中的lncRNA以及蛋白質(zhì)編...
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STEP8:鑒定全新的lncRNA
這個(gè)時(shí)候已經(jīng)不是表達(dá)矩陣的事情了，要從新從fastq測(cè)序數(shù)據(jù)開始。對(duì)測(cè)序后的fastq數(shù)據(jù)進(jìn)行轉(zhuǎn)錄本的組裝。基于組裝后的轉(zhuǎn)錄本，通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)注釋去...
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