一.研究背景 三陰性乳腺癌(TNBC)臨床預(yù)后差，而且臨床上缺少有效的特異性生物標(biāo)志物。此外，三陰性乳腺癌具有雌激素受體(ER)、黃體酮受體(P...
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18-IF6+:純生信分析甲基化和基因表達(dá)整合鑒定三陰性乳腺癌的預(yù)后標(biāo)志物和藥物靶標(biāo)
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解析單細(xì)胞RNA-Seq Nature文章這是我聽(tīng)孟浩巍知乎Live：生信進(jìn)階第1課-重復(fù)Nature文章和B站視頻：高通量測(cè)序技術(shù)交流錄像里的筆記哦~ 目錄：文章的主要結(jié)論解讀傳統(tǒng)RN...
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GEO數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘—生信技能樹(shù)B站視頻以下是B站生信技能樹(shù)GEO數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘的課程筆記 主要內(nèi)容及學(xué)習(xí)目的： 介紹GEO數(shù)據(jù)庫(kù)：了解數(shù)據(jù)存放位置； 介紹GSE項(xiàng)目的3種下載方式； 介紹...
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limma 差異分析透徹講解基因表達(dá)差異分析是我們做轉(zhuǎn)錄組最關(guān)鍵根本的一步，edgeR+limma是目前最為推薦的方式。本文結(jié)合示例數(shù)據(jù)，將對(duì)這個(gè)過(guò)程進(jìn)行梳理，讓你明白li...
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一套limma、edgeR的實(shí)戰(zhàn)【上】劉小澤寫(xiě)于18.10.26今晚10.15開(kāi)始寫(xiě)，先寫(xiě)這么多吧，明天繼續(xù) 第一部分 背景介紹 選用GEO數(shù)據(jù)：GSE63310 從雌性小鼠乳腺中提...
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簡(jiǎn)單小需求：如何將FPKM轉(zhuǎn)換成TPM？
劉小澤寫(xiě)于19.2.21或許這還是個(gè)比較常用的需求 我們做轉(zhuǎn)錄組分析，得到的結(jié)果可能是FPKM。但是FPKM確實(shí)存在不準(zhǔn)確性，推薦使用TPM。 ...
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一個(gè)看似簡(jiǎn)單的需求——修改富集分析的dotplot圖劉小澤寫(xiě)于2020.2.6最近再一次做起了轉(zhuǎn)錄組，但這一次需求有點(diǎn)小改變，需要自己定制一下，具體原因看本文吧。其中要特別表?yè)P(yáng)花花??同學(xué)，幫了個(gè)大...
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那些常用的limma操作劉小澤寫(xiě)于19.12.29 + 2020.1.1這一篇不扯別的，只列我認(rèn)為比較重點(diǎn)的limma包的知識(shí)，所以代碼部分可能比較多。但也會(huì)用不同的知...
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ChAMP 分析甲基化芯片數(shù)據(jù)-差異分析下篇
對(duì)于甲基化芯片的差異分析，除了有探針?biāo)降牟町惙治?，還有差異甲基化區(qū)域DMR分析。 差異甲基化區(qū)域的示意圖如下： 該圖片來(lái)自Bumphunter...
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ChAMP分析甲基化芯片數(shù)據(jù)-差異分析上篇
經(jīng)過(guò)預(yù)處理之后的數(shù)據(jù)，就可以進(jìn)行差異分析了。對(duì)于甲基化芯片而言，有兩個(gè)方面的差異分析 DMP 差異甲基化探針 DMR 差異甲基化區(qū)域 在ChAM...
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