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DoubletFinder 去除雙細(xì)胞
1. 參考資料 https://mp.weixin.qq.com/s/ybr1rK5CcC-BfDKUYxKcNw https://www.ji...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘3-clustering1. 寫在前面 參考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. Normalization, ...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘2-QC1. 寫在前面 參考教程：https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. 搭建環(huán)境 在 Rproj 的位...
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單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘1-bam-fastq-matrix
1. 寫在前面 數(shù)據(jù)集介紹測了 LK 和 LSK 細(xì)胞的 scRNA-seq，但是作者定義 LK 的方法比較奇怪，之后會(huì)把“LK”中 sca-1...
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too-many-cells 學(xué)習(xí)筆記1. TooManyCells 簡介 TooManyCells 是由賓夕法尼亞大學(xué)的 Gregory W. Schwartz 等人開發(fā)的一種聚類...
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10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組下游流程-4-差異分析及可視化1. 準(zhǔn)備數(shù)據(jù) 2. 構(gòu)建monocle對(duì)象 3. 過濾質(zhì)控 4. 聚類 4.1. 判斷使用哪些基因進(jìn)行細(xì)胞分群 黑色的點(diǎn)是會(huì)被選用的基因 4....
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10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組下游流程-3-亞群注釋1. 讀取數(shù)據(jù) 2. 按時(shí)間點(diǎn)分組畫圖 可以看到每個(gè)群中基本都有四個(gè)時(shí)間點(diǎn)的細(xì)胞 3. 標(biāo)識(shí)感興趣的基因 4. 亞群注釋 5. 不同時(shí)間點(diǎn)分開畫圖
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10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組下游流程-2-分群及可視化參考筆記：http://www.itdecent.cn/p/ab0a92f905b3 1. R實(shí)現(xiàn)進(jìn)度條和并行運(yùn)算 在正式開始之前插這么一則題...
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10X單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組下游流程-1-整合多個(gè)cellranger結(jié)果1. 寫在前面 因?yàn)楹罄m(xù)的課題以及下一次的JC都準(zhǔn)備做單細(xì)胞的，所以開始學(xué)習(xí)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的下游分析。 又因?yàn)?月在珠海跑過一次基于Seurat ...
