1. 參考資料 https://mp.weixin.qq.com/s/ybr1rK5CcC-BfDKUYxKcNw https://www.ji...
1. 寫在前面 參考教程:https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. Normalization, ...
1. 寫在前面 參考教程:https://hbctraining.github.io/scRNA-seq/ 2. 搭建環(huán)境 在 Rproj 的位...
1. 寫在前面 數(shù)據(jù)集介紹測了 LK 和 LSK 細(xì)胞的 scRNA-seq,但是作者定義 LK 的方法比較奇怪,之后會(huì)把“LK”中 sca-1...
1. TooManyCells 簡介 TooManyCells 是由賓夕法尼亞大學(xué)的 Gregory W. Schwartz 等人開發(fā)的一種聚類...
1. 準(zhǔn)備數(shù)據(jù) 2. 構(gòu)建monocle對(duì)象 3. 過濾質(zhì)控 4. 聚類 4.1. 判斷使用哪些基因進(jìn)行細(xì)胞分群 黑色的點(diǎn)是會(huì)被選用的基因 4....
1. 讀取數(shù)據(jù) 2. 按時(shí)間點(diǎn)分組畫圖 可以看到每個(gè)群中基本都有四個(gè)時(shí)間點(diǎn)的細(xì)胞 3. 標(biāo)識(shí)感興趣的基因 4. 亞群注釋 5. 不同時(shí)間點(diǎn)分開畫圖
參考筆記:http://www.itdecent.cn/p/ab0a92f905b3 1. R實(shí)現(xiàn)進(jìn)度條和并行運(yùn)算 在正式開始之前插這么一則題...
1. 寫在前面 因?yàn)楹罄m(xù)的課題以及下一次的JC都準(zhǔn)備做單細(xì)胞的,所以開始學(xué)習(xí)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組的下游分析。 又因?yàn)?月在珠海跑過一次基于Seurat ...