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【非模式種轉(zhuǎn)錄組】二、下游分析R語(yǔ)言篇這里是佳奧！我們繼續(xù)非模式種轉(zhuǎn)錄組的下游分析。 上篇我們拿到了raw count矩陣，但是我們還缺少很多東西，讓我們一步一步來(lái)。 1、選擇合適方...
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【非模式種轉(zhuǎn)錄組】一、上游分析Linux篇
這里是佳奧！經(jīng)歷了一個(gè)學(xué)期，做了幾遍轉(zhuǎn)錄組，感受頗深。 原理沒(méi)變，方法沒(méi)變，但是思維需要轉(zhuǎn)變，我們需要時(shí)刻保持清醒： 做自己的項(xiàng)目不再是機(jī)械的重...
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【RNA-Seq 實(shí)戰(zhàn)】六、DEG分析首先要獲取表達(dá)矩陣數(shù)據(jù)： 然后就導(dǎo)入R開(kāi)始分析吧！ 1 差異分析 airway、DESeq2、edgeR 參考代碼在這里： DESeq_DEG：...
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【RNA-Seq 實(shí)戰(zhàn)】五、表達(dá)矩陣探索1 導(dǎo)入R 獲取矩陣后正式開(kāi)始下游分析。 2 繪圖 相關(guān)性圖 相關(guān)性熱圖 后續(xù)我們使用airway包的數(shù)據(jù)進(jìn)行后續(xù)分析。 安裝airway ：B...
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【RNA-Seq 實(shí)戰(zhàn)】四、序列比對(duì)這里是佳奧，讓我們繼續(xù)轉(zhuǎn)錄組分析的學(xué)習(xí)！ 常用的軟件：hisat2、subjunc、star、bwa、bowtie2（主要針對(duì)基因組）等 1 s...
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【RNA-Seq 實(shí)戰(zhàn)】三、fastq下載及過(guò)濾數(shù)據(jù)這里是佳奧！繼續(xù)轉(zhuǎn)錄組分析的學(xué)習(xí)。 一般我們都是從.fq文件開(kāi)始的，但是如果是自己尋找數(shù)據(jù)的話，要多一步驟。 1 獲取fastq數(shù)據(jù) 1.1 s...
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【RNA-Seq 實(shí)戰(zhàn)】二、軟件安裝
使用conda安裝 查看環(huán)境內(nèi)安裝軟件 已安裝的軟件： trimmomatic、cutadapt、trim_galore star、hisat2...
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【RNA-Seq 實(shí)戰(zhàn)】一、數(shù)據(jù)處理流程
這里是佳奧，終于來(lái)到了轉(zhuǎn)錄組分析部分，讓我們開(kāi)始吧！ 1 數(shù)據(jù)資源下載，參考基因組及參考轉(zhuǎn)錄組 gtf genome.fa 1.1 確定項(xiàng)目物種...