技能樹直播課程學(xué)習(xí)-WGCNA-0-基礎(chǔ)知識

1. 基本步驟

  1. 數(shù)據(jù)輸入和清洗
  2. 網(wǎng)絡(luò)構(gòu)建和模塊檢測
  3. 量化模塊和樣本性狀的關(guān)系
  4. 挑出感興趣模塊內(nèi)部的基因
  5. 可視化TOM矩陣
  6. 將網(wǎng)絡(luò)導(dǎo)出到外部數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化

2. 加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的類型

  • signed or unsigned
  • 一般使用 unsigned，因為不論是正相關(guān)還是負(fù)相關(guān)都是我們所關(guān)心的，但對于特殊的生物學(xué)故事可能需要使用 signed
  • 目前據(jù)我所知使用以下函數(shù)時需要設(shè)置加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)類型（默認(rèn)是 unsigned）
    • pickSoftThreshold()
    • blockwiseModules()
    • adjacency()
    • TOMsimilarityFromExpr()
    • TOMsimilarity()

3. 注意事項

  • 樣本數(shù)建議不少于 15

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